MirGeneDB 3.0
98 microRNA genes with node of origin T. castaneum
Sort by genome coordinates Motifs
MirGeneDB ID ▲ MiRBase ID Family Seed 5p accession 3p accession Chromosome Start End Strand Node of origin (locus) Node of origin (family) Iso­miR 3' NTU  UG  UGUG CNNC
Tca-Mir-2-P5c tca-mir-2944a MIR-2 AUCACAG MIMAT0018718 MIMAT0018719 LG3 15689938 15689994 + T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-2-P5d tca-mir-2944b MIR-2 AAGGAAC MIMAT0018746 MIMAT0018747 LG5 7455840 7455901 + T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-2-P5e tca-mir-2944c MIR-2 AUCACAG MIMAT0018810 MIMAT0018811 LG9 10977 11036 - T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-3-P4 tca-mir-309a MIR-3 GAUGAAC MIMAT0018750 MIMAT0018751 LG5 7455958 7456014 + T. castaneum Pancrustacea No 1
Tca-Mir-3-P5 tca-mir-309b MIR-3 CACUGGG MIMAT0018886 MIMAT0018887 LG5 7457453 7457508 + T. castaneum Pancrustacea No 1 1
Tca-Mir-3-P6 tca-mir-309c MIR-3 CACUGGG MIMAT0045526 MIMAT0045527 LG5 7457335 7457391 + T. castaneum Pancrustacea No 1
Tca-Mir-3-P7 V None MIR-3 CACUGGG None None LG2 364450 364510 - T. castaneum Pancrustacea 2 No 1
Tca-Mir-3-P8 None MIR-3 CACUGGG None None LG2 1143938 1143997 + T. castaneum Pancrustacea No 1
Tca-Mir-3-P9a None MIR-3 CACUGGG None None LG2 342886 342945 - T. castaneum Pancrustacea No 1
Tca-Mir-3-P9b None MIR-3 CACUGGG None None KQ971812 4156 4215 - T. castaneum Pancrustacea No 1
Tca-Mir-3-P10 None MIR-3 CACUGGG None None LG2 1144355 1144413 + T. castaneum Pancrustacea No 1
Tca-Mir-3-P11 None MIR-3 GGUCUAU None None LG2 1140475 1140533 + T. castaneum Pancrustacea No
Tca-Mir-3-P12a None MIR-3 CACUGGG None None KQ972170 29279 29337 + T. castaneum Pancrustacea No 1
Tca-Mir-3-P12b None MIR-3 CACUGGG None None KQ972170 8053 8111 - T. castaneum Pancrustacea No 1
Tca-Mir-3-P13a None MIR-3 CACUGGG None None LG2 1145669 1145727 + T. castaneum Pancrustacea No 1
Tca-Mir-3-P13b None MIR-3 CACUGGG None None LG2 1141776 1141834 + T. castaneum Pancrustacea No 1
Tca-Mir-9-P9a tca-mir-9c MIR-9 CUUUGGU MIMAT0018714 MIMAT0018715 LG3 15689817 15689876 + T. castaneum Bilateria No 1
Tca-Mir-9-P9b V tca-mir-9d MIR-9 UAAAGCU MIMAT0018748 MIMAT0018749 LG5 7455728 7455787 + T. castaneum Bilateria 2 No 1
Tca-Mir-9-P9c V tca-mir-9e MIR-9 CUUUGGU MIMAT0023581 MIMAT0023582 LG9 11087 11146 - T. castaneum Bilateria 2 No 1 1
Tca-Mir-276-as tca-mir-276b MIR-276 AGGAACU MIMAT0045604 MIMAT0045605 LG3 12483940 12483997 + T. castaneum Arthropoda No 1
Tca-Mir-279-o3 tca-mir-279b MIR-279 GACUAGA MIMAT0019181 MIMAT0010201 LG5 444013 444072 + T. castaneum Protostomia No
Tca-Mir-279-P1c tca-mir-279c MIR-279 GACUAGA MIMAT0018730 MIMAT0018731 LG3 15690069 15690126 + T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-279-P1d tca-mir-279e MIR-279 GACUAGA MIMAT0018816 MIMAT0018817 LG9 11214 11274 - T. castaneum Protostomia No 1
Tca-Mir-3809 tca-mir-3809 MIR-3809 UCAUAAC MIMAT0018640 MIMAT0018641 LGX 6585862 6585919 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3811-P1 tca-mir-3811a-1 MIR-3811 AUGUACA MIMAT0018684 MIMAT0018645 LGX 6596442 6596505 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3811-P2a tca-mir-3811a-2 MIR-3811 UCUUGCU MIMAT0018644 MIMAT0018645 LGX 6597433 6597496 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3811-P2b tca-mir-3811a-4 MIR-3811 UCUUGCU MIMAT0018644 MIMAT0018645 LGX 6597098 6597161 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3811-P3 tca-mir-3811a-3 MIR-3811 AUGUACA MIMAT0018650 MIMAT0018645 LGX 6597762 6597824 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3811-P4 tca-mir-3811b MIR-3811 AUGUACA MIMAT0018664 MIMAT0018665 LGX 6598335 6598398 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3811-P5 tca-mir-3806 MIR-3811 UCUGUUC MIMAT0018634 MIMAT0018635 LGX 6598547 6598608 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3811-P6 tca-mir-3808 MIR-3811 CAUAUUC MIMAT0018638 MIMAT0018639 LGX 6595867 6595926 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3814 tca-mir-3814 MIR-3814 AGCAUGA MIMAT0018652 MIMAT0018653 LGX 6587955 6588013 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3816 V tca-mir-3816 MIR-3816 UGCUGCC MIMAT0018656 MIMAT0018657 LGX 6594971 6595029 + T. castaneum T. castaneum 2 No 1
Tca-Mir-3820 tca-mir-3820 MIR-3820 UUGCCAA MIMAT0018666 MIMAT0018667 LGX 6587625 6587682 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3821 V tca-mir-3821 MIR-3821 UUCUAGU MIMAT0018668 MIMAT0018669 LGX 6586315 6586372 + T. castaneum T. castaneum 2 No 1
Tca-Mir-3822 tca-mir-3822 MIR-3822 UAUUUUC MIMAT0018670 MIMAT0018671 LGX 6594368 6594426 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3824 tca-mir-3824 MIR-3824 GUAAAAU MIMAT0018674 MIMAT0018675 LGX 6600300 6600356 + T. castaneum T. castaneum No 1 1
Tca-Mir-3825 tca-mir-3825 MIR-3825 GUUUUCU MIMAT0018678 MIMAT0018679 LGX 6586009 6586065 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3840 tca-mir-3840 MIR-3840 AGUACGA MIMAT0018724 MIMAT0018725 LG3 15689698 15689754 + T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-3841 tca-mir-3841 MIR-3841 AGUACGG MIMAT0018726 MIMAT0018727 LG3 15689576 15689634 + T. castaneum T. castaneum No 1 1
Tca-Mir-3842 tca-mir-3842 MIR-3842 GGAGGAA MIMAT0018728 MIMAT0018729 LG3 559294 559352 + T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-3843 tca-mir-3843 MIR-3843 GUUGUUG MIMAT0018732 MIMAT0018733 LG3 15690171 15690228 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3849 tca-mir-3849 MIR-3849 GACAUUU MIMAT0018752 MIMAT0018753 LG5 5505646 5505710 + T. castaneum T. castaneum No 1 1
Tca-Mir-3851-P1 tca-mir-3851h MIR-3851 AGUACGG MIMAT0045530 MIMAT0045531 LG6 9956963 9957020 - T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3851-P2 tca-mir-3851i MIR-3851 AGUACGG MIMAT0045534 MIMAT0045535 LG6 272921 272978 - T. castaneum T. castaneum No 1 1
Tca-Mir-3851-P3 tca-mir-3851j MIR-3851 AGUACGU MIMAT0045536 MIMAT0045537 LG6 273025 273083 - T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-3851-P4a tca-mir-3851k-1 MIR-3851 AGUACGA MIMAT0045493 MIMAT0045494 LG2 1145318 1145377 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3851-P4b tca-mir-3851k-2 MIR-3851 AGUACGA MIMAT0045493 MIMAT0045494 LG2 371022 371081 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3851-P4c tca-mir-3851k-3 MIR-3851 AGUACGA MIMAT0045493 MIMAT0045494 KQ972170 26268 26327 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3851-P4d tca-mir-3851k-4 MIR-3851 AGUACGA MIMAT0045493 MIMAT0045494 KQ972170 11063 11122 - T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3851-P5a tca-mir-3851l-2 MIR-3851 AGUACGA MIMAT0045476 MIMAT0045505 LG2 1141446 1141505 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3851-P5b tca-mir-3851l-2 MIR-3851 AGUACGA MIMAT0045476 MIMAT0045505 KQ971812 8277 8336 - T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3851-P6 tca-mir-3851l-3 MIR-3851 AGUACGA MIMAT0045554 MIMAT0045477 KQ972048 1592 1650 - T. castaneum T. castaneum No 1 1
Tca-Mir-3851-P7 tca-mir-3851m-4 MIR-3851 GUUGGCA MIMAT0045466 MIMAT0045585 KQ971812 13140 13199 - T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-3851-P8a tca-mir-3851m-2 MIR-3851 AGUACGA MIMAT0045466 MIMAT0045467 KQ972170 24398 24457 + T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-3851-P8b tca-mir-3851m-3 MIR-3851 AGUACGA MIMAT0045466 MIMAT0045467 KQ972170 12040 12099 - T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-3851-P9a tca-mir-3851n-1 MIR-3851 AGUACGA MIMAT0045482 MIMAT0045483 LG2 370015 370074 - T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3851-P9b tca-mir-3851n-2 MIR-3851 AGUACGA MIMAT0045482 MIMAT0045483 KQ972048 10408 10467 - T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3853 tca-mir-3853 MIR-3853 UGUGUAU MIMAT0018762 MIMAT0018763 LG5 5943323 5943381 - T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-3862 tca-mir-3862 MIR-3862 GGGCAAA MIMAT0018800 MIMAT0018801 LG9 14275678 14275733 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3863 tca-mir-3863 MIR-3863 GAUCAAG MIMAT0018808 MIMAT0018809 LG9 14275784 14275842 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-3893 tca-mir-3893 MIR-3893 UAAAGCU MIMAT0018888 MIMAT0018889 LG5 7457235 7457292 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-11617-P1 tca-mir-11617b MIR-11617 GUUGUCA MIMAT0045474 MIMAT0045475 LG2 342479 342539 - T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-11617-P2 tca-mir-11617c MIR-11617 GUUGGCA MIMAT0045478 MIMAT0045479 LG2 364058 364118 - T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-11617-P3 tca-mir-11617d-1 MIR-11617 AGUACUU MIMAT0045598 None LG2 372276 372333 + T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-11617-P4 tca-mir-11617d-2 MIR-11617 AGUACUU MIMAT0045598 None KQ972170 27517 27574 + T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-11617-P5 tca-mir-11617d-3 MIR-11617 AGUACUU MIMAT0045598 None KQ972170 9816 9873 - T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-11617-P6a tca-mir-11617f-1 MIR-11617 UUGGCAU MIMAT0045600 None LG2 1146293 1146350 + T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-11617-P6b tca-mir-11617f-2 MIR-11617 UUGGCAU MIMAT0045600 None LG2 1142386 1142443 + T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-11618-P1 tca-mir-11618a-1 MIR-11618 AUACCGA MIMAT0045489 MIMAT0045490 LG2 1147094 1147152 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-11618-P2 tca-mir-11618a-2 MIR-11618 AUACCGA MIMAT0045489 MIMAT0045490 KQ971812 4386 4443 - T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-11618-P3a tca-mir-11618a-3 MIR-11618 UGAUCGG MIMAT0045489 MIMAT0045556 KQ972170 24557 24615 + T. castaneum T. castaneum No 1 1
Tca-Mir-11618-P3b tca-mir-11618a-5 MIR-11618 UGAUCGG MIMAT0045489 MIMAT0045966 KQ972170 11882 11940 - T. castaneum T. castaneum No 1 1
Tca-Mir-11618-P4 tca-mir-11618a-4 MIR-11618 AUACCGA MIMAT0045503 MIMAT0045490 LG2 1143177 1143235 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-11618-P5 tca-mir-11618b-1 MIR-11618 GUUAGCA MIMAT0045495 MIMAT0045496 LG2 1144897 1144955 + T. castaneum T. castaneum No 1 1
Tca-Mir-11618-P6 tca-mir-11618b-2 MIR-11618 GUUAGCA MIMAT0045495 MIMAT0045496 LG2 1141029 1141087 + T. castaneum T. castaneum No 1 1
Tca-Mir-11618-P7 tca-mir-11618b-3 MIR-11618 GUUAGCA MIMAT0045495 MIMAT0045555 KQ972170 11485 11543 - T. castaneum T. castaneum No 1 1
Tca-Mir-11618-P8 tca-mir-11618b-4 MIR-11618 AGUACAG MIMAT0045495 MIMAT0045559 KQ972170 25845 25903 + T. castaneum T. castaneum No 1 1
Tca-Mir-11619-P1 tca-mir-11619a-1 MIR-11619 GAAGAGU MIMAT0045515 MIMAT0045558 KQ972170 7940 7998 - T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-11619-P2 tca-mir-11619a-2 MIR-11619 GAAGAGU MIMAT0045515 MIMAT0045558 KQ972170 29392 29450 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-11619-P3 tca-mir-11619a-3 MIR-11619 GAAGCGU MIMAT0045515 MIMAT0045516 LG2 374318 374376 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-11619-P4 tca-mir-11619e MIR-11619 UGAGGAG MIMAT0045499 MIMAT0045500 LG2 1144051 1144110 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-11619-P5 tca-mir-11619f MIR-11619 GAGAGUU MIMAT0045508 MIMAT0045509 LG2 1139937 1139997 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-11621-P1 tca-mir-11621 MIR-11621 UAAAGCG MIMAT0045513 MIMAT0045514 LG2 1146138 1146196 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-11621-P2a None MIR-11621 UAAAGCG None None LG2 1142245 1142303 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-11621-P2b None MIR-11621 UAAAGCG None None KQ972170 27366 27424 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-11622 tca-mir-11622 MIR-11622 AAAGGAA MIMAT0045517 MIMAT0045518 LG3 1789933 1789990 - T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-11624-P1a tca-mir-11624a-1 MIR-11624 GAUAUGC MIMAT0045523 MIMAT0045524 LG5 505653 505713 + T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-11624-P1b tca-mir-11624a-2 MIR-11624 GAUAUGC MIMAT0045523 MIMAT0045524 LG5 48829 48889 - T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-11624-P2 tca-mir-11624a-3 MIR-11624 GAUAUGC MIMAT0045523 MIMAT0045525 LG5 505254 505313 + T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-11624-P3 tca-mir-11624b-1 MIR-11624 UUGAGAC MIMAT0045528 MIMAT0045529 LG6 9847531 9847590 - T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-11624-P4 tca-mir-11624c MIR-11624 GAUAUGC MIMAT0045544 MIMAT0045545 LG6 9853278 9853338 + T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-11624-P5 tca-mir-11624d MIR-11624 UUGGGAC MIMAT0045532 MIMAT0045533 LG6 9958318 9958377 - T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-11626 tca-mir-11626a MIR-11626 GGCAUGA MIMAT0045540 MIMAT0045541 LG6 273389 273446 - T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-11630 tca-mir-11630 MIR-11630 UCAAAUU MIMAT0045552 MIMAT0045553 LGX 3971241 3971303 - T. castaneum T. castaneum No
Tca-Mir-11634 tca-mir-11634 MIR-11634 UUGGGAG MIMAT0045588 MIMAT0045589 LG8 13297445 13297512 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-11635 tca-mir-11635 MIR-11635 CUUUGGA None MIMAT0045590 LGX 6586742 6586801 + T. castaneum T. castaneum No 1
Tca-Mir-11636 tca-mir-11636 MIR-11636 GAGGUCU MIMAT0045591 MIMAT0045592 LGX 6593233 6593288 + T. castaneum T. castaneum No 1 1

(red - mature/co-mature, blue - star)

Download sequences for: precursor | 5p | 3p | mature | star | mature/star | loop | extend_pre | all