| MirGeneDB ID | Tca-Mir-9-P9c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-9e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-9-P9a Tca-Mir-9-P9b-v1 Tca-Mir-9-P10 Tca-Mir-9-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dan-Mir-9-P9 Dgr-Mir-9 Dlo-Mir-9-P9 Dma-Mir-9-P9 Dme-Mir-9-P9 Dmo-Mir-9-P9 Dpu-Mir-9-P9 Dsi-Mir-9-P9 Dya-Mir-9-P9 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hme-Mir-9-P9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG9: 11087-11146 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P9c-v1) |
Mir-2-P5e
LG9: 10977-11036 [-]
Ensembl
Mir-9-P9c-v1 LG9: 11087-11146 [-] Ensembl Mir-9-P9c-v2 LG9: 11088-11145 [-] Ensembl Mir-279-P1d LG9: 11214-11274 [-] Ensembl |
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| Variant | Tca-Mir-9-P9c-v1 |
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| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGCAACAGGUUGCAAGUCGGAUAUAUUCUUCUUUGGUGAUCUAGUUGUAUGAGUGUUUUAUAUAUCAUAAAGCUGGUUCAGCAAAGCAGAUUGCAUUCGACUCUUCGACGAGCCGAGCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGCAACAGGUUGCAAG--| A U U G U G GUGUU UCGGAU UA UCU CUUUG UGA CUAGUU UAUGA U AGCUUA GU AGA GAAAC ACU GGUCGA AUACU U GCGAGCCGAGCAGCUUCUC^ C U C G U A AUAUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tca-Mir-9-P9c-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0023581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUGAUCUAGUUGUAUGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Tca-Mir-9-P9c-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0023582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUAAAGCUGGUUCAGCAAAGCAG -60
Get sequence
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| Variant | Tca-Mir-9-P9c-v2 |
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| Seed | UUUGGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCAACAGGUUGCAAGUCGGAUAUAUUCUUCUUUGGUGAUCUAGUUGUAUGAGUGUUUUAUAUAUCAUAAAGCUGGUUCAGCAAAGCAGAUUGCAUUCGACUCUUCGACGAGCCGAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCAACAGGUUGCAAGU--| A U U G U G GUGUU CGGAU UA UCU CUUUG UGA CUAGUU UAUGA U GCUUA GU AGA GAAAC ACU GGUCGA AUACU U CGAGCCGAGCAGCUUCUCA^ C U C G U A AUAUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tca-Mir-9-P9c-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0023581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUUGGUGAUCUAGUUGUAUGA -22
Get sequence
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| Star sequence | Tca-Mir-9-P9c-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0023582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUAAAGCUGGUUCAGCAAAGCA -58
Get sequence
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