| MirGeneDB ID | Dan-Mir-9-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dan-mir-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dan-Mir-9-P10 Dan-Mir-9-P11 Dan-Mir-9-P12-v1 Dan-Mir-9-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Dlo-Mir-9-P9 Dma-Mir-9-P9 Dme-Mir-9-P9 Dmo-Mir-9-P9 Dpu-Mir-9-P9 Dsi-Mir-9-P9 Dya-Mir-9-P9 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hme-Mir-9-P9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 Tca-Mir-9-P9a Tca-Mir-9-P9b-v1 Tca-Mir-9-P9c-v1 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_13266: 9731536-9731592 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P9) |
Mir-3-P1
scaffold_13266: 9731119-9731176 [+]
Ensembl
Mir-3-P2 scaffold_13266: 9731233-9731293 [+] Ensembl Mir-279-P1 scaffold_13266: 9731371-9731449 [+] Ensembl Mir-9-P9 scaffold_13266: 9731536-9731592 [+] Ensembl Mir-2-P5 scaffold_13266: 9731684-9731747 [+] Ensembl Mir-2-P6a scaffold_13266: 9731826-9731883 [+] Ensembl Mir-2-P6b scaffold_13266: 9731970-9732041 [+] Ensembl Mir-2-P6c scaffold_13266: 9732130-9732191 [+] Ensembl |
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| Seed | UAAAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAUACCAAUAUAAAGGUUGCAAUUAGUUUCUUUGGUCGUCCAGCCUUAGGUGACUUCUCUGAUCAUAAAGCUAGACAACCAUUGAAGUUCGUUGUGGCAAUUGCGGCGCUUAUUAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUAUACCAAUAUAAAGG--|UG U GU UU C C CUUAG CUUC U CAAU A UUC UGGU GUC AGC GUGA \ G GUUG U AAG ACCA CAG UCG UACU U AAUUAUUCGCGGCGUUAAC^GU C UG UU A A AAA-- AGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dan-Mir-9-P9_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUUGGUCGUCCAGCCUUAGGUGA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Dan-Mir-9-P9_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUAAAGCUAGACAACCAUUGAA -57
Get sequence
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