| MirGeneDB ID | Dpu-Mir-9-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dpu-Mir-9-P10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dan-Mir-9-P9 Dgr-Mir-9 Dlo-Mir-9-P9 Dma-Mir-9-P9 Dme-Mir-9-P9 Dmo-Mir-9-P9 Dsi-Mir-9-P9 Dya-Mir-9-P9 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hme-Mir-9-P9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 Tca-Mir-9-P9a Tca-Mir-9-P9b-v1 Tca-Mir-9-P9c-v1 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_32: 69575-69633 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P9) |
Mir-965
DAPPUscaffold_32: 27782-27843 [-]
Ensembl
Mir-36 DAPPUscaffold_32: 68520-68579 [-] Ensembl Mir-279-P1d DAPPUscaffold_32: 68663-68726 [-] Ensembl Mir-29-P2 DAPPUscaffold_32: 69280-69354 [-] Ensembl Mir-2-P5 DAPPUscaffold_32: 69416-69503 [-] Ensembl Mir-9-P9 DAPPUscaffold_32: 69575-69633 [-] Ensembl Mir-279-P1c DAPPUscaffold_32: 69703-69769 [-] Ensembl |
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| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUACAGGUUGUAUUCUUAUUAUUGCUUCUUUCUUUGGUGGUCUAGCUGUAUGAGGUUUAUAAGUUCAUAAAGCUAGAUCAGCAAGGCAACAAGUGGAAUAGUUUUCGACGUUUACAAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUACAGGUUGUAUUCUUAUUA--|UG C U G G GGUUU U CUU UU CUUUG UGGUCUAGCU UAUGA \ G GAA AA GGAAC ACUAGAUCGA AUACU A GUAACAUUUGCAGCUUUUGAUAA^GU C C G A UGAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dpu-Mir-9-P9_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUGGUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Dpu-Mir-9-P9_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUAAAGCUAGAUCAGCAAGGCAA -59
Get sequence
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