| MirGeneDB ID | Dpu-Mir-279-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dpu-mir-279b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dpu-Mir-279-o8 Dpu-Mir-279-o9 Dpu-Mir-279-P1c Dpu-Mir-279-P2 Dpu-Mir-279-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-279 Bko-Mir-279-o1 Bpl-Mir-279 Dan-Mir-279-P1 Dlo-Mir-279-P1 Dma-Mir-279-P1d Dme-Mir-279-P1 Dmo-Mir-279-P1 Dsi-Mir-279-P1 Dya-Mir-279-P1 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gpa-Mir-279-P1 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hme-Mir-279-o1 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 Tca-Mir-279-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_32: 68663-68726 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P1d) |
Mir-965
DAPPUscaffold_32: 27782-27843 [-]
Ensembl
Mir-36 DAPPUscaffold_32: 68520-68579 [-] Ensembl Mir-279-P1d DAPPUscaffold_32: 68663-68726 [-] Ensembl Mir-29-P2 DAPPUscaffold_32: 69280-69354 [-] Ensembl Mir-2-P5 DAPPUscaffold_32: 69416-69503 [-] Ensembl Mir-9-P9 DAPPUscaffold_32: 69575-69633 [-] Ensembl Mir-279-P1c DAPPUscaffold_32: 69703-69769 [-] Ensembl |
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| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUAGUUGAGCAUCUUGAGCAUACGUCAGUCGGCGAGUUCGGUUUUAGUUGUAUUUUAAAUUUAGUCGGUAUGACUAGAACCCACACUCGUCCGGUUGCUGUAUUCUAUUUCAUCGAGUAGGUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUAGUUGAGCAUCUUGA-- C U GU - UC-| UG UUUUAAA G AUACG CA CGG CGAGU GGUUUUAGU UA U C UAUGU GU GCC GCUCA CCAAGAUCA AU U UCUGGAUGAGCUACUUUAU U C UG U CAC^ GU GGCUGAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dpu-Mir-279-P1d_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGCGAGUUCGGUUUUAGUUGUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dpu-Mir-279-P1d_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0018923 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGACUAGAACCCACACUCGUCCGG -64
Get sequence
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