| MirGeneDB ID | Dpu-Mir-279-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dpu-Mir-279-o8 Dpu-Mir-279-o9 Dpu-Mir-279-P1c Dpu-Mir-279-P1d Dpu-Mir-279-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-279-P2 Aga-Mir-279-P2 Agr-Mir-279 Bge-Mir-279-P2 Bko-Mir-279-o2 Bpl-Mir-279 Dan-Mir-279-P2 Dlo-Mir-279-P2 Dma-Mir-279-P2 Dme-Mir-279-P2 Dmo-Mir-279-P2 Dsi-Mir-279-P2 Dya-Mir-279-P2 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gpa-Mir-279-P2 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hme-Mir-279-o2 Hme-Mir-279-P2 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 Tca-Mir-279-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_43: 177095-177172 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P2) |
Mir-279-P2
DAPPUscaffold_43: 177095-177172 [+]
Ensembl
Mir-279-P3 DAPPUscaffold_43: 177501-177567 [+] Ensembl |
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| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUGCUUUAUUCAACAAUCCAGUCGCGUUCGGUGGAUAUGGUUCUCGUGACAUGGCUUUUCAUCGGCUUUGUAUUCCGAGCGUACAUGACUAGAUCCAUACUCACCAGACGAGGCUGGACCAAUCAUCGAAAGCUCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUGCUUUAUUCAACAA--| G UC GA U C GA GCUUUUCAUCGGCU UCCAGUC CGU GGUG UAUGG UCU GU CAUG U AGGUCGG GCA CCAC AUACC AGA CA GUAC U UUCUCGAAAGCUACUAACC^ A GA UC U U -- AUGCGAGCCUUAUG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dpu-Mir-279-P2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUGGAUAUGGUUCUCGUGACAUG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Dpu-Mir-279-P2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
56- UGACUAGAUCCAUACUCACCAG -78
Get sequence
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