| MirGeneDB ID | Bko-Mir-279-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Monogonont Rotifer 2 (Brachionus koreanus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bko-Mir-279-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-279-P2 Aga-Mir-279-P2 Agr-Mir-279 Bge-Mir-279-P2 Bpl-Mir-279 Dan-Mir-279-P2 Dlo-Mir-279-P2 Dma-Mir-279-P2 Dme-Mir-279-P2 Dmo-Mir-279-P2 Dpu-Mir-279-P2 Dsi-Mir-279-P2 Dya-Mir-279-P2 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gpa-Mir-279-P2 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hme-Mir-279-o2 Hme-Mir-279-P2 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 Tca-Mir-279-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Brachionus_koreanusGCA_016987375.1_Bk_v0.5.4_genomic) |
PJRA01000503.1: 192755-192815 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUCAAUUCAGCUUAAAUAUAAUAACUGUCAGUGUGAAUGUAUUCAAGUCAAUUAGAAAAAAUAUUUUAUUGACUAGAGCAUUCACGCUUAUAGAUUAUAUUCAAUCUUCUCAGUCAAAGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUCAAUUCAGCUUAAA----| AA C AU A UAGAAAA UAUAAU CUGU AGUGUGAAUGU UC AGUCAAU \ AUAUUA GAUA UCGCACUUACG AG UCAGUUA A AGAAACUGACUCUUCUAACUU^ -- U -- A UUUUAUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bko-Mir-279-o2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGUGAAUGUAUUCAAGUCAAU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bko-Mir-279-o2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGACUAGAGCAUUCACGCUUA -61
Get sequence
|
