MirGeneDB ID | Bko-Mir-279-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Monogonont Rotifer 2 (Brachionus koreanus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bko-Mir-279-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-279-P1a Aae-Mir-279-P1b1 Aae-Mir-279-P1b2 Aga-Mir-279-P1a Aga-Mir-279-P1b Agr-Mir-279 Bpl-Mir-279 Dan-Mir-279-P1 Dlo-Mir-279-P1 Dma-Mir-279-P1c Dma-Mir-279-P1d Dme-Mir-279-P1 Dmo-Mir-279-P1 Dpu-Mir-279-P1c Dpu-Mir-279-P1d Dsi-Mir-279-P1 Dya-Mir-279-P1 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gpa-Mir-279-P1 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hme-Mir-279-o1 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 Tca-Mir-279-P1c Tca-Mir-279-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Brachionus_koreanusGCA_016987375.1_Bk_v0.5.4_genomic) |
PJRA01000005.1: 3913347-3913411 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUUCAAUGCAUCUUAAAUAUAAUUGCUGUCAGUGUGAAUGUAUUCAAGUCAAUUAGAAAAAAAAUAUUUUAUUGACUAGAGCAUUCACGCUUAUAGAUUAUAUUCAAUCUUCUCAAUCAAAGCAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUUCAAUGCAUCUUAA----| UG C AU A UAGAAAAA AUAUAAU CUGU AGUGUGAAUGU UC AGUCAAU \ UAUAUUA GAUA UCGCACUUACG AG UCAGUUA A ACGAAACUAACUCUUCUAACU^ -- U -- A UUUUAUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bko-Mir-279-o1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGUGUGAAUGUAUUCAAGUCAAU -24
Get sequence
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Mature sequence | Bko-Mir-279-o1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- UGACUAGAGCAUUCACGCUUAU -65
Get sequence
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