| MirGeneDB ID | Dan-Mir-279-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dan-mir-286 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dan-Mir-279-P2 Dan-Mir-279-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-279-P1a Aae-Mir-279-P1b1 Aae-Mir-279-P1b2 Aga-Mir-279-P1a Aga-Mir-279-P1b Agr-Mir-279 Bko-Mir-279-o1 Bpl-Mir-279 Dlo-Mir-279-P1 Dma-Mir-279-P1c Dma-Mir-279-P1d Dme-Mir-279-P1 Dmo-Mir-279-P1 Dpu-Mir-279-P1c Dpu-Mir-279-P1d Dsi-Mir-279-P1 Dya-Mir-279-P1 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gpa-Mir-279-P1 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hme-Mir-279-o1 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 Tca-Mir-279-P1c Tca-Mir-279-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_13266: 9731371-9731449 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P1) |
Mir-3-P1
scaffold_13266: 9731119-9731176 [+]
Ensembl
Mir-3-P2 scaffold_13266: 9731233-9731293 [+] Ensembl Mir-279-P1 scaffold_13266: 9731371-9731449 [+] Ensembl Mir-9-P9 scaffold_13266: 9731536-9731592 [+] Ensembl Mir-2-P5 scaffold_13266: 9731684-9731747 [+] Ensembl Mir-2-P6a scaffold_13266: 9731826-9731883 [+] Ensembl Mir-2-P6b scaffold_13266: 9731970-9732041 [+] Ensembl Mir-2-P6c scaffold_13266: 9732130-9732191 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUUUUAGCAUCAGAAUUUUAAAAUUGAAUGGCGAUUGUCGGUAUGGUCGCUUUUUCACAAAAAAAUUGGUUACCAACAAGCGAAGUGACUAGACCGAACACUCGUGCUAUAAUUUUAAAAUGUUCAUCAAGCUAAAGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUUUUAGCAUCAGAAU-- AAUG U -| A UUUUCACAAAAAAAU UUUAAAAUUG GCGA UG UCGGU UGGUCGCU U AAAUUUUAAU UGCU AC AGCCA AUCAGUGA G UGAAAUCGAACUACUUGUA AUCG C A^ G AGCGAACAACCAUUG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dan-Mir-279-P1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGCGAUUGUCGGUAUGGUCGCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dan-Mir-279-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0008444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
56- UGACUAGACCGAACACUCGUGCU -79
Get sequence
|
