| MirGeneDB ID | Aga-Mir-279-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aga-mir-286b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aga-Mir-279-P1a Aga-Mir-279-P2 Aga-Mir-279-P3 Aga-Mir-279-P25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-279-P1b1 Aae-Mir-279-P1b2 Agr-Mir-279 Bko-Mir-279-o1 Bpl-Mir-279 Dan-Mir-279-P1 Dlo-Mir-279-P1 Dme-Mir-279-P1 Dmo-Mir-279-P1 Dsi-Mir-279-P1 Dya-Mir-279-P1 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gpa-Mir-279-P1 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hme-Mir-279-o1 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Culicidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064601.1: 67178504-67178570 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P1b) |
Mir-3-o1
NC_064601.1: 67177915-67177979 [-]
Ensembl
Mir-2-P5a2 NC_064601.1: 67178094-67178150 [-] Ensembl Mir-279-P1b NC_064601.1: 67178504-67178570 [-] Ensembl |
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| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUUGUUUCACGUCCCGGCUCACGGCUUAGGGCGAAUGUCGGAGUAGUCGCUUGUGAUUGAAUUGACAAAAAGUGACUAGACCGAACACUCGUAUCCUAAAUCGUUGAAAAAAUCGUCAGUGCAAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUUGUUUCACGUCCCGGC - GC -- A -| AG UGUGAUUGA UC ACG UUAGG GCGA UG UCGG UAGUCGCU \ AG UGC AAUCC UGCU AC AGCC AUCAGUGA A AAAACGUGACUGCUAAAAA U UA UA C A^ AG AAAACAGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aga-Mir-279-P1b_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0041566 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGCGAAUGUCGGAGUAGUCGCU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Aga-Mir-279-P1b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0041567 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UGACUAGACCGAACACUCGUAUCC -67
Get sequence
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