| MirGeneDB ID | Dlo-Mir-279-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Braconid wasp (Diachasmimorpha longicaudata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dlo-Mir-279-o4 Dlo-Mir-279-P2 Dlo-Mir-279-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-279-P1a Aae-Mir-279-P1b1 Aae-Mir-279-P1b2 Aga-Mir-279-P1a Aga-Mir-279-P1b Agr-Mir-279 Bko-Mir-279-o1 Bpl-Mir-279 Dan-Mir-279-P1 Dma-Mir-279-P1c Dma-Mir-279-P1d Dme-Mir-279-P1 Dmo-Mir-279-P1 Dpu-Mir-279-P1c Dpu-Mir-279-P1d Dsi-Mir-279-P1 Dya-Mir-279-P1 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gpa-Mir-279-P1 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hme-Mir-279-o1 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 Tca-Mir-279-P1c Tca-Mir-279-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_034640455.1_iyDiaLong2_genomic) |
NC_087241.1: 4526260-4526323 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P1) |
Mir-3
NC_087241.1: 4525806-4525867 [-]
Ensembl
Mir-2-P5 NC_087241.1: 4525982-4526042 [-] Ensembl Mir-9-P9 NC_087241.1: 4526129-4526188 [-] Ensembl Mir-279-P1 NC_087241.1: 4526260-4526323 [-] Ensembl Mir-36 NC_087241.1: 4526388-4526443 [-] Ensembl Mir-3478 NC_087241.1: 4526391-4526444 [+] Ensembl |
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| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUUCACUACGUCUAAAACCCGACUCUGGAGACGCAGUAUCGGUCUAGUGGCACGUACAUUUCGCACUCGUGACUAGAUCGAAAUACUCGUCCCUGGACUCUGGUGACUUCAACGAUUUUCAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUUCACUACGUCUAAA-- C C UG A C --| GG UACAUU ACC GA UC G GACG AGUA UCGGUCUAGU CACG \ UGG CU AG C CUGC UCAU AGCUAGAUCA GUGC U CUACUUUUAGCAACUUCAG U C GU C - AA^ -- UCACGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dlo-Mir-279-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACGCAGUAUCGGUCUAGUGGCACG -25
Get sequence
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| Mature sequence | Dlo-Mir-279-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGACUAGAUCGAAAUACUCGUCCC -64
Get sequence
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