| MirGeneDB ID | Tca-Mir-279-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-279c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-279-o3 Tca-Mir-279-P1d Tca-Mir-279-P2 Tca-Mir-279-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-279 Bko-Mir-279-o1 Bpl-Mir-279 Dan-Mir-279-P1 Dlo-Mir-279-P1 Dma-Mir-279-P1c Dme-Mir-279-P1 Dmo-Mir-279-P1 Dpu-Mir-279-P1c Dsi-Mir-279-P1 Dya-Mir-279-P1 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gpa-Mir-279-P1 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hme-Mir-279-o1 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG3: 15690069-15690126 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P1c) |
Mir-3841
LG3: 15689576-15689634 [+]
Ensembl
Mir-3840 LG3: 15689698-15689754 [+] Ensembl Mir-9-P9a LG3: 15689817-15689876 [+] Ensembl Mir-2-P5c LG3: 15689938-15689994 [+] Ensembl Mir-279-P1c LG3: 15690069-15690126 [+] Ensembl Mir-3843 LG3: 15690171-15690228 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAUUUCGCCGCUUAAAUUCAUAUUUUUUUCGGGUGUUCGUUUCGAGUCACAUUGUGAUUGAUUUUGUGACUAGAUCGAACAUUCGCUCGAAGUAUGGAAAAAUCCGCGGGACUUGUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAAUUUCGCCGCUUAAA--| UUU UU G UUGUGA UUCAUAUUUU CGGGUGUUCG UC AGUCACA \ AGGUAUGAAG GCUUACAAGC AG UCAGUGU U GUGUUCAGGGCGCCUAAAA^ CUC U- A UUUAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tca-Mir-279-P1c_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0018730 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGUGUUCGUUUCGAGUCACA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tca-Mir-279-P1c_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0018731 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGACUAGAUCGAACAUUCGCU -58
Get sequence
|
