| MirGeneDB ID | Tca-Mir-3840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3840 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-3840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG3: 15689698-15689754 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3840) |
Mir-3841
LG3: 15689576-15689634 [+]
Ensembl
Mir-3840 LG3: 15689698-15689754 [+] Ensembl Mir-9-P9a LG3: 15689817-15689876 [+] Ensembl Mir-2-P5c LG3: 15689938-15689994 [+] Ensembl Mir-279-P1c LG3: 15690069-15690126 [+] Ensembl Mir-3843 LG3: 15690171-15690228 [+] Ensembl |
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| Seed | AGUACGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUAUUAUUUUCACAUCAGUGAAUGCUUUGUAGGGGGUACUGUAAGUACGUACGAUUUUUUUAACGUAGUACGAACGGUACUCACUAUGAACGUUACACAGUUUUCAAUGCCAUAACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUAUUAUUUUCACAUCA-- -| C UG G AA G AUUU GUG AAUG UU UAG GGGUACUGU GUAC UACG U CAC UUGC AA AUC CUCAUGGCA CAUG AUGC U UCAAUACCGUAACUUUUGA A^ - GU A AG - AAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-3840_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0018724 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGGGUACUGUAAGUACGUACG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-3840_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0018725 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UAGUACGAACGGUACUCACUAU -57
Get sequence
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