| MirGeneDB ID | Dlo-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Braconid wasp (Diachasmimorpha longicaudata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-3-o1a Aae-Mir-3-o1b Aae-Mir-3-o2 Aga-Mir-3-o1 Aga-Mir-3-o2 Bge-Mir-3-P28a-v1 Bge-Mir-3-P28b-v1 Bge-Mir-3-P29-v1 Dan-Mir-3-P1 Dan-Mir-3-P2 Dan-Mir-3-P3 Dma-Mir-3 Dme-Mir-3-P1 Dme-Mir-3-P2 Dme-Mir-3-P3 Dmo-Mir-3-P1 Dmo-Mir-3-P2 Dmo-Mir-3-P3 Dpu-Mir-3 Dsi-Mir-3-P1 Dsi-Mir-3-P2 Dsi-Mir-3-P3 Dya-Mir-3-P1 Dya-Mir-3-P2 Dya-Mir-3-P3 Gpa-Mir-3 Hme-Mir-3-P14 Hme-Mir-3-P15 Hme-Mir-3-P16 Hme-Mir-3-P17 Hme-Mir-3-P18 Hme-Mir-3-P19 Hme-Mir-3-P20 Hme-Mir-3-P21 Hme-Mir-3-P22 Hme-Mir-3-P23 Hme-Mir-3-P24 Hme-Mir-3-P25 Hme-Mir-3-P26 Hme-Mir-3-P27 Tca-Mir-3-P4 Tca-Mir-3-P5 Tca-Mir-3-P6 Tca-Mir-3-P7-v1 Tca-Mir-3-P8 Tca-Mir-3-P9a Tca-Mir-3-P9b Tca-Mir-3-P10 Tca-Mir-3-P11 Tca-Mir-3-P12a Tca-Mir-3-P12b Tca-Mir-3-P13a Tca-Mir-3-P13b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_034640455.1_iyDiaLong2_genomic) |
NC_087241.1: 4525806-4525867 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3) |
Mir-3
NC_087241.1: 4525806-4525867 [-]
Ensembl
Mir-2-P5 NC_087241.1: 4525982-4526042 [-] Ensembl Mir-9-P9 NC_087241.1: 4526129-4526188 [-] Ensembl Mir-279-P1 NC_087241.1: 4526260-4526323 [-] Ensembl Mir-36 NC_087241.1: 4526388-4526443 [-] Ensembl Mir-3478 NC_087241.1: 4526391-4526444 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUAUGGUGAACGAAAAUCAGUGUAGAAUGGGAUCGACUUGGCUCAGGUUGACGGUGAAAAAAAAAAUUGUCACUGGGUUAAGUUUGUCCCAUACGUUCACUUAGCGAACAUCAGAUCCAUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUAUGGUGAACGAAAAUC- UAGA-| C GU CGGUGAAA AGUG AUGGGAU GACUUGGCUCAG UGA A UCAC UACCCUG UUGAAUUGGGUC ACU A CUACCUAGACUACAAGCGAU UUGCA^ U -- GUUAAAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dlo-Mir-3_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUCGACUUGGCUCAGGUUGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dlo-Mir-3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UCACUGGGUUAAGUUUGUCCCA -62
Get sequence
|
