| MirGeneDB ID | Tca-Mir-3-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-3-P4 Tca-Mir-3-P5 Tca-Mir-3-P6 Tca-Mir-3-P8 Tca-Mir-3-P9a Tca-Mir-3-P9b Tca-Mir-3-P10 Tca-Mir-3-P11 Tca-Mir-3-P12a Tca-Mir-3-P12b Tca-Mir-3-P13a Tca-Mir-3-P13b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dlo-Mir-3 Dma-Mir-3 Dpu-Mir-3 Gpa-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG2: 364450-364510 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-P7-v1) |
Mir-11617-P1
LG2: 342479-342539 [-]
Ensembl
Mir-3-P9a LG2: 342886-342945 [-] Ensembl Mir-11617-P2 LG2: 364058-364118 [-] Ensembl Mir-3-P7-v1 LG2: 364450-364510 [-] Ensembl Mir-3-P7-v2 LG2: 364450-364510 [-] Ensembl Mir-3851-P9a LG2: 370015-370074 [-] Ensembl Mir-3851-P4b LG2: 371022-371081 [+] Ensembl Mir-11617-P3 LG2: 372276-372333 [+] Ensembl Mir-11619-P3 LG2: 374318-374376 [+] Ensembl |
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| Variant | Tca-Mir-3-P7-v1 |
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| Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAGAUACAUUCUUUUCCGAAAUUGCUGCCAGGUCCACCUUUUGCUUUUGUUGAUAUUUAUUUAACUAUCACUGGGCAAGGUAGACCUUGGAGUUGUUUCUUAAAUCUCCAAUUAAUAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGAGAUACAUUCUUUUCC---| U G - C UU UU U UUUA GAAAU GCU CCA GGUC ACCU UGCUU GU GAUA U CUUUG UGA GGU CCAG UGGA ACGGG CA CUAU U ACUAUAAUUAACCUCUAAAUU^ U - U A -- U- - CAAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-3-P7-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUCCACCUUUUGCUUUUGUUGAUA -26
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-3-P7-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCACUGGGCAAGGUAGACCUUGG -61
Get sequence
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| Variant | Tca-Mir-3-P7-v2 |
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| Seed | ACUGGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAGAUACAUUCUUUUCCGAAAUUGCUGCCAGGUCCACCUUUUGCUUUUGUUGAUAUUUAUUUAACUAUCACUGGGCAAGGUAGACCUUGGAGUUGUUUCUUAAAUCUCCAAUUAAUAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGAGAUACAUUCUUUUCC---| U G - C UU UU U AUUUA GAAAU GCU CCA GGUC ACCU UGCUU GU GAU U CUUUG UGA GGU CCAG UGGA ACGGG CA CUA U ACUAUAAUUAACCUCUAAAUU^ U - U A -- U- - UCAAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-3-P7-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUCCACCUUUUGCUUUUGUUGAU -25
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-3-P7-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CACUGGGCAAGGUAGACCUUGG -61
Get sequence
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