| MirGeneDB ID | Tca-Mir-3851-P9a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3851 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUACGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-3851n-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-3851-P1 Tca-Mir-3851-P2 Tca-Mir-3851-P3 Tca-Mir-3851-P4a Tca-Mir-3851-P4b Tca-Mir-3851-P4c Tca-Mir-3851-P4d Tca-Mir-3851-P5a Tca-Mir-3851-P5b Tca-Mir-3851-P6 Tca-Mir-3851-P7 Tca-Mir-3851-P8a Tca-Mir-3851-P8b Tca-Mir-3851-P9b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG2: 370015-370074 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3851-P9a) |
Mir-11617-P1
LG2: 342479-342539 [-]
Ensembl
Mir-11617-P2 LG2: 364058-364118 [-] Ensembl Mir-3851-P9a LG2: 370015-370074 [-] Ensembl Mir-3851-P4b LG2: 371022-371081 [+] Ensembl Mir-11617-P3 LG2: 372276-372333 [+] Ensembl Mir-11619-P3 LG2: 374318-374376 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUUAUUAUUUUUGAGUAAAUUUAGUACUGGGUUGGCACAGAGUAGUACUGUGUAAAAUUCUAUUUCAUAGUACGACCCAUGCCGGCCUAGUAAGAAAUUUCAAUUCACCAGCAAGUCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUUUAUUAUUUUUGAGU--| AG CAGA A UAAAAU AAAUUU UACUGGGUUGGCA GU GUACUGUG \ UUUAAA AUGAUCCGGCCGU CA CAUGAUAC U UACUGAACGACCACUUAAC^ GA ACC- G UUUAUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-3851-P9a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0045482 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUUGGCACAGAGUAGUACUGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-3851-P9a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0045483 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAGUACGACCCAUGCCGGCCUA -60
Get sequence
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