| MirGeneDB ID | Tca-Mir-3851-P5b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3851 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUACGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-3851l-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-3851-P1 Tca-Mir-3851-P2 Tca-Mir-3851-P3 Tca-Mir-3851-P4a Tca-Mir-3851-P4b Tca-Mir-3851-P4c Tca-Mir-3851-P4d Tca-Mir-3851-P5a Tca-Mir-3851-P6 Tca-Mir-3851-P7 Tca-Mir-3851-P8a Tca-Mir-3851-P8b Tca-Mir-3851-P9a Tca-Mir-3851-P9b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
KQ971812: 8277-8336 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3851-P5b) |
Mir-11618-P2
KQ971812: 4386-4443 [-]
Ensembl
Mir-3851-P5b KQ971812: 8277-8336 [-] Ensembl Mir-3851-P7 KQ971812: 13140-13199 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAUUUUUAAUUUGAAUAAAUUUAGUGCUGGGUUGGCAUAAGGUGGUACCAUGUAACAUUUUAACCCAUAGUACGAUCCAUGCCGACUCAGUAAUGGAUUACAAUUCGCCAGCAAGUGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUAUUUUUAAUUUGAAUA--| G AA G C UAACAU AAUUUA UGCUGGGUUGGCAU GGU GUAC AUG \ UUAGGU AUGACUCAGCCGUA CUA CAUG UAC U AAGUGAACGACCGCUUAACA^ A C- G A CCAAUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-3851-P5b_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0045476 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUUGGCAUAAGGUGGUACCAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-3851-P5b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0045505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAGUACGAUCCAUGCCGACUCA -60
Get sequence
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