| MirGeneDB ID | Tca-Mir-3851-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-3851 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-3851k-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-3851-P1 Tca-Mir-3851-P2 Tca-Mir-3851-P3 Tca-Mir-3851-P4a Tca-Mir-3851-P4b Tca-Mir-3851-P4d Tca-Mir-3851-P5a Tca-Mir-3851-P5b Tca-Mir-3851-P6 Tca-Mir-3851-P7 Tca-Mir-3851-P8a Tca-Mir-3851-P8b Tca-Mir-3851-P9a Tca-Mir-3851-P9b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
KQ972170: 26268-26327 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3851-P4c) |
Mir-11619-P1
KQ972170: 7940-7998 [-]
Ensembl
Mir-3-P12b KQ972170: 8053-8111 [-] Ensembl Mir-11617-P5 KQ972170: 9816-9873 [-] Ensembl Mir-3851-P4d KQ972170: 11063-11122 [-] Ensembl Mir-11618-P7 KQ972170: 11485-11543 [-] Ensembl Mir-11618-P3b KQ972170: 11882-11940 [-] Ensembl Mir-3851-P8b KQ972170: 12040-12099 [-] Ensembl Mir-3851-P8a KQ972170: 24398-24457 [+] Ensembl Mir-11618-P3a KQ972170: 24557-24615 [+] Ensembl Mir-11618-P8 KQ972170: 25845-25903 [+] Ensembl Mir-3851-P4c KQ972170: 26268-26327 [+] Ensembl Mir-11621-P2b KQ972170: 27366-27424 [+] Ensembl Mir-11617-P4 KQ972170: 27517-27574 [+] Ensembl Mir-3-P12a KQ972170: 29279-29337 [+] Ensembl Mir-11619-P2 KQ972170: 29392-29450 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUACGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAAGUGAAAUUUGAAUAAAUUUAGUGCUGGGUUGGCAAAAGGUGGUACCAUGUAACAUUUUAACCCAUAGUACGACCCAUGCCGGCUCAGUAAUAAAUUACAAUUCGCCAGCAAGUGAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUAAGUGAAAUUUGAAUA--| G AAA G C UAACAU AAUUUA UGCUGGGUUGGCA GGU GUAC AUG \ UUAAAU AUGACUCGGCCGU CCA CAUG UAC U AAGUGAACGACCGCUUAACA^ A AC- G A CCAAUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tca-Mir-3851-P4c_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0045493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUUGGCAAAAGGUGGUACCAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tca-Mir-3851-P4c_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0045494 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAGUACGACCCAUGCCGGCUCA -60
Get sequence
|
