| MirGeneDB ID | Tca-Mir-3-P12a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-3-P4 Tca-Mir-3-P5 Tca-Mir-3-P6 Tca-Mir-3-P7-v1 Tca-Mir-3-P8 Tca-Mir-3-P9a Tca-Mir-3-P9b Tca-Mir-3-P10 Tca-Mir-3-P11 Tca-Mir-3-P12b Tca-Mir-3-P13a Tca-Mir-3-P13b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dlo-Mir-3 Dma-Mir-3 Dpu-Mir-3 Gpa-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
KQ972170: 29279-29337 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-P12a) |
Mir-11619-P1
KQ972170: 7940-7998 [-]
Ensembl
Mir-3-P12b KQ972170: 8053-8111 [-] Ensembl Mir-11617-P5 KQ972170: 9816-9873 [-] Ensembl Mir-3851-P4d KQ972170: 11063-11122 [-] Ensembl Mir-11618-P7 KQ972170: 11485-11543 [-] Ensembl Mir-11618-P3b KQ972170: 11882-11940 [-] Ensembl Mir-3851-P8b KQ972170: 12040-12099 [-] Ensembl Mir-3851-P8a KQ972170: 24398-24457 [+] Ensembl Mir-11618-P3a KQ972170: 24557-24615 [+] Ensembl Mir-11618-P8 KQ972170: 25845-25903 [+] Ensembl Mir-3851-P4c KQ972170: 26268-26327 [+] Ensembl Mir-11621-P2b KQ972170: 27366-27424 [+] Ensembl Mir-11617-P4 KQ972170: 27517-27574 [+] Ensembl Mir-3-P12a KQ972170: 29279-29337 [+] Ensembl Mir-11619-P2 KQ972170: 29392-29450 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUUAUCACAAUUUUUUUGAAAUGUCUGUCAGGUCUACCUCUGCUUAAGUUGAUAUUUAUUUAAUUAUCACUGGGCAAGGUAGACUCUACAGCCGUUUGUUCAAUCUUCAAUCAACAGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUUAUCACAAUUUUUUUG--| U CA C A U UUUA AAAUG CUGU GGUCUACCU UGCUUA GU GAUA U UUUGC GACA UCAGAUGGA ACGGGU CA CUAU U CGACAACUAACUUCUAACUUG^ C UC - - - UAAU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tca-Mir-3-P12a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUCUACCUCUGCUUAAGUUGAUA -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tca-Mir-3-P12a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCACUGGGCAAGGUAGACUCUA -59
Get sequence
|
