| MirGeneDB ID | Tca-Mir-3-P9b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-3-P4 Tca-Mir-3-P5 Tca-Mir-3-P6 Tca-Mir-3-P7-v1 Tca-Mir-3-P7-v2 Tca-Mir-3-P8 Tca-Mir-3-P9a Tca-Mir-3-P10 Tca-Mir-3-P11 Tca-Mir-3-P12a Tca-Mir-3-P12b Tca-Mir-3-P13a Tca-Mir-3-P13b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dma-Mir-3 Dpu-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
KQ971812: 4156-4215 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-P9b) |
Mir-11618-P2
KQ971812: 4386-4443 [-]
Ensembl
Mir-3851-P5b KQ971812: 8277-8336 [-] Ensembl Mir-3851-P7 KQ971812: 13140-13199 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUGCUACACUUUUUUUCGAAAUUCCUGCCAGGUCCACCUUUUGCUUUUGUUGAUAUUUAUUUAACUAUCACUGGGCAAGGUAGACCCUGGAGUGGUUUCUUAAAUCGCCAAUUAAUAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUGCUACACUUUUUUUC--| UC G - C UU UU U UUUA GAAAU CU CCAGG UC ACCU UGCUU GU GAUA U CUUUG GA GGUCC AG UGGA ACGGG CA CUAU U CUAUAAUUAACCGCUAAAUU^ GU - C A -- U- - CAAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-3-P9b_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUCCACCUUUUGCUUUUGUUGAUA -26
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-3-P9b_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCACUGGGCAAGGUAGACCCUG -60
Get sequence
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