| MirGeneDB ID | Dma-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large common water flea (Daphnia magna) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-3-o1a Aae-Mir-3-o1b Aae-Mir-3-o2 Aga-Mir-3-o1 Aga-Mir-3-o2 Bge-Mir-3-P28a-v1 Bge-Mir-3-P28b-v1 Bge-Mir-3-P29-v1 Dan-Mir-3-P1 Dan-Mir-3-P2 Dan-Mir-3-P3 Dlo-Mir-3 Dme-Mir-3-P1 Dme-Mir-3-P2 Dme-Mir-3-P3 Dmo-Mir-3-P1 Dmo-Mir-3-P2 Dmo-Mir-3-P3 Dpu-Mir-3 Dsi-Mir-3-P1 Dsi-Mir-3-P2 Dsi-Mir-3-P3 Dya-Mir-3-P1 Dya-Mir-3-P2 Dya-Mir-3-P3 Gpa-Mir-3 Hme-Mir-3-P14 Hme-Mir-3-P15 Hme-Mir-3-P16 Hme-Mir-3-P17 Hme-Mir-3-P18 Hme-Mir-3-P19 Hme-Mir-3-P20 Hme-Mir-3-P21 Hme-Mir-3-P22 Hme-Mir-3-P23 Hme-Mir-3-P24 Hme-Mir-3-P25 Hme-Mir-3-P26 Hme-Mir-3-P27 Tca-Mir-3-P4 Tca-Mir-3-P5 Tca-Mir-3-P6 Tca-Mir-3-P7-v1 Tca-Mir-3-P8 Tca-Mir-3-P9a Tca-Mir-3-P9b Tca-Mir-3-P10 Tca-Mir-3-P11 Tca-Mir-3-P12a Tca-Mir-3-P12b Tca-Mir-3-P13a Tca-Mir-3-P13b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DMA_ASM399081) |
NC_046174.1: 2509456-2509516 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3) |
Mir-12607-v1
NC_046174.1: 2509081-2509143 [+]
Ensembl
Mir-12607-v2 NC_046174.1: 2509081-2509143 [+] Ensembl Mir-12606 NC_046174.1: 2509231-2509290 [+] Ensembl Mir-3 NC_046174.1: 2509456-2509516 [+] Ensembl Mir-12604 NC_046174.1: 2509619-2509677 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCUGUAAAACGUAAAUCUGGAAUUAGUCUAGGUAAACUUCGCCCAGAUUAGACUUAAUUAUUGCAGUCACUGGGUAAAGUUUGUCCGUUGACUAGGUUCACUUACCUCUUCACACUGAUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCUGUAAAACGUAAAUC-- A UA- -| CG AUUA UAAU UGGA UUAGUC GG UAAACUU CCCAG GACU U ACUU GAUCAG CC GUUUGAA GGGUC CUGA A CUAGUCACACUUCUCCAUUC G UUG U^ AU A--- CGUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dma-Mir-3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUAAACUUCGCCCAGAUUAGACU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dma-Mir-3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCACUGGGUAAAGUUUGUCCGUUG -61
Get sequence
|
