| MirGeneDB ID | Dpu-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-3-o1a Aae-Mir-3-o1b Aae-Mir-3-o2 Aga-Mir-3-o1 Aga-Mir-3-o2 Bge-Mir-3-P28a-v1 Bge-Mir-3-P28b-v1 Bge-Mir-3-P29-v1 Dan-Mir-3-P1 Dan-Mir-3-P2 Dan-Mir-3-P3 Dlo-Mir-3 Dma-Mir-3 Dme-Mir-3-P1 Dme-Mir-3-P2 Dme-Mir-3-P3 Dmo-Mir-3-P1 Dmo-Mir-3-P2 Dmo-Mir-3-P3 Dsi-Mir-3-P1 Dsi-Mir-3-P2 Dsi-Mir-3-P3 Dya-Mir-3-P1 Dya-Mir-3-P2 Dya-Mir-3-P3 Gpa-Mir-3 Hme-Mir-3-P14 Hme-Mir-3-P15 Hme-Mir-3-P16 Hme-Mir-3-P17 Hme-Mir-3-P18 Hme-Mir-3-P19 Hme-Mir-3-P20 Hme-Mir-3-P21 Hme-Mir-3-P22 Hme-Mir-3-P23 Hme-Mir-3-P24 Hme-Mir-3-P25 Hme-Mir-3-P26 Hme-Mir-3-P27 Tca-Mir-3-P4 Tca-Mir-3-P5 Tca-Mir-3-P6 Tca-Mir-3-P7-v1 Tca-Mir-3-P8 Tca-Mir-3-P9a Tca-Mir-3-P9b Tca-Mir-3-P10 Tca-Mir-3-P11 Tca-Mir-3-P12a Tca-Mir-3-P12b Tca-Mir-3-P13a Tca-Mir-3-P13b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_24: 361462-361522 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3) |
Mir-184
DAPPUscaffold_24: 317035-317138 [+]
Ensembl
Mir-12604 DAPPUscaffold_24: 361300-361359 [-] Ensembl Mir-3 DAPPUscaffold_24: 361462-361522 [-] Ensembl Mir-12606 DAPPUscaffold_24: 361694-361754 [-] Ensembl Mir-12607 DAPPUscaffold_24: 361858-361920 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGAAAUGAAAAAUAACCUGGUAUUAGUCUAGGUGAACUUUGCCCAGAUUAGACUUGUAAUUGUUAGUCACUGGGUAAAGUUUGUCCGUUGACUAGUUCCACUUACCUCUUCUGCCUGUUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGAAAUGAAAAAUAACC-- U UA- -| AUUA UGUA UGG AUUAGUC GG UGAACUUUGCCCAG GACU A ACC UGAUCAG CC GUUUGAAAUGGGUC CUGA U CUUGUCCGUCUUCUCCAUUC U UUG U^ A--- UUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dpu-Mir-3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUGAACUUUGCCCAGAUUAGACU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dpu-Mir-3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCACUGGGUAAAGUUUGUCCGUUG -61
Get sequence
|
