| MirGeneDB ID | Dpu-Mir-12604 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12604 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dma-Mir-12604 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_24: 361300-361359 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12604) |
Mir-184
DAPPUscaffold_24: 317035-317138 [+]
Ensembl
Mir-12604 DAPPUscaffold_24: 361300-361359 [-] Ensembl Mir-3 DAPPUscaffold_24: 361462-361522 [-] Ensembl Mir-12606 DAPPUscaffold_24: 361694-361754 [-] Ensembl Mir-12607 DAPPUscaffold_24: 361858-361920 [-] Ensembl |
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| Seed | CUGGGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCCUGCAGAAAAUUUGAUUUAGUUUGAGUCCAGUUUUACAUACCCCAUAGAAUGUAUUUAAUAUCUCUGGGUUAUGAUUAAGACUGGGCAAAAGCUAUUUGCUACAACAUGUAAUGAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCCUGCAGAAAAUUUGAUU-- GA --| C U AUGUA UAGUUU GUCCAGUUUUA CAUA CCCA AGA U AUCGAA CGGGUCAGAAU GUAU GGGU UCU U UAAGUAAUGUACAACAUCGUUU AA UA^ U C AUAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dpu-Mir-12604_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCAGUUUUACAUACCCCAUAGA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dpu-Mir-12604_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCUGGGUUAUGAUUAAGACUGGGC -60
Get sequence
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