| MirGeneDB ID | Dma-Mir-12604 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12604 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large common water flea (Daphnia magna) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dpu-Mir-12604 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DMA_ASM399081) |
NC_046174.1: 2509619-2509677 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12604) |
Mir-12607-v1
NC_046174.1: 2509081-2509143 [+]
Ensembl
Mir-12607-v2 NC_046174.1: 2509081-2509143 [+] Ensembl Mir-12606 NC_046174.1: 2509231-2509290 [+] Ensembl Mir-3 NC_046174.1: 2509456-2509516 [+] Ensembl Mir-12604 NC_046174.1: 2509619-2509677 [+] Ensembl |
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| Seed | CUGGGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUCUACAGAUAAUUAGCAUUAGUUUGUGUCCAGUUUAACAUAGCCCACAGAUUAUGUACAUUUCUCUGGGUUAUGAUUAAGACUGGGCAAAGACUUCUGCUCAUCAACAGAUAUCCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUCUACAGAUAAUUAG-- UU G - -| C UUAUG CA AGUUU UGUCCAGUU UAA CAUAGCCCA AGA \ GU UCAGA ACGGGUCAG AUU GUAUUGGGU UCU U CUCCUAUAGACAACUACUC CU A A A^ C UUACA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dma-Mir-12604_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCAGUUUAACAUAGCCCACAGA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dma-Mir-12604_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UCUGGGUUAUGAUUAAGACUGGGC -59
Get sequence
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