| MirGeneDB ID | Dma-Mir-12607 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12607 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large common water flea (Daphnia magna) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dpu-Mir-12607 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DMA_ASM399081) |
NC_046174.1: 2509081-2509143 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12607-v1) |
Mir-12607-v1
NC_046174.1: 2509081-2509143 [+]
Ensembl
Mir-12607-v2 NC_046174.1: 2509081-2509143 [+] Ensembl Mir-12606 NC_046174.1: 2509231-2509290 [+] Ensembl Mir-3 NC_046174.1: 2509456-2509516 [+] Ensembl Mir-12604 NC_046174.1: 2509619-2509677 [+] Ensembl |
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| Variant | Dma-Mir-12607-v1 |
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| Seed | ACUGGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCUACGAUUUAUUUCAAGCUGUUUUAUUCGACACUACAUGUAUCUAGUAUGACCAGUUAUACGGAGUCACUGGGUAUUCAUUGUAGGGUCGAAUAAUGUCAGCCAUUAUCACGUCAACGUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCUACGAUUUAUUUCAA- UU- A U---| AU CAGUU GCUG UUAUUCGAC CUACA GUAUCUAGU GAC A CGAC AAUAAGCUG GAUGU UAUGGGUCA CUG U CGUGCAACUGCACUAUUAC UGU G UACU^ -- AGGCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dma-Mir-12607-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACACUACAUGUAUCUAGUAUGAC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Dma-Mir-12607-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CACUGGGUAUUCAUUGUAGGGUCGA -63
Get sequence
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| Variant | Dma-Mir-12607-v2 |
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| Seed | CUGGGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCUACGAUUUAUUUCAAGCUGUUUUAUUCGACACUACAUGUAUCUAGUAUGACCAGUUAUACGGAGUCACUGGGUAUUCAUUGUAGGGUCGAAUAAUGUCAGCCAUUAUCACGUCAACGUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCUACGAUUUAUUUCAA- UU- A U---| AU CCAGUU GCUG UUAUUCGAC CUACA GUAUCUAGU GA A CGAC AAUAAGCUG GAUGU UAUGGGUCA CU U CGUGCAACUGCACUAUUAC UGU G UACU^ -- GAGGCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dma-Mir-12607-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACACUACAUGUAUCUAGUAUGA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dma-Mir-12607-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACUGGGUAUUCAUUGUAGGGUCGA -63
Get sequence
|
