| MirGeneDB ID | Hme-Mir-3-P20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hme-Mir-3-P14 Hme-Mir-3-P15 Hme-Mir-3-P16 Hme-Mir-3-P17 Hme-Mir-3-P18 Hme-Mir-3-P19 Hme-Mir-3-P21 Hme-Mir-3-P22 Hme-Mir-3-P23 Hme-Mir-3-P24 Hme-Mir-3-P25 Hme-Mir-3-P26 Hme-Mir-3-P27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dlo-Mir-3 Dma-Mir-3 Dpu-Mir-3 Gpa-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
HE671859: 112283-112342 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-P20) |
Mir-3-P27
HE671859: 110477-110535 [-]
Ensembl
Mir-3-P26 HE671859: 110635-110693 [-] Ensembl Mir-3-P25 HE671859: 110796-110850 [-] Ensembl Mir-3-P24 HE671859: 110937-110990 [-] Ensembl Mir-3-P23 HE671859: 111487-111543 [-] Ensembl Mir-3-P22 HE671859: 111736-111797 [-] Ensembl Mir-3-P21 HE671859: 112176-112234 [-] Ensembl Mir-3-P20 HE671859: 112283-112342 [-] Ensembl Mir-3-P19 HE671859: 112455-112513 [-] Ensembl Mir-3-P18 HE671859: 112729-112787 [-] Ensembl Mir-3-P17 HE671859: 113173-113233 [-] Ensembl Mir-3-P16 HE671859: 113306-113364 [-] Ensembl Mir-3-P15 HE671859: 113451-113508 [-] Ensembl Mir-3-P14 HE671859: 113699-113757 [-] Ensembl Mir-9-P9 HE671859: 114241-114299 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAUCAAGUGGAGUGUUAUCUUAAAGAGAUAGUAUUCAUUGGUUCAGUCGAUACGUUUUAUUUAUCUAUCACUGGGUUUCUGAAUACUGCUUUGGAAGAUAAUCCAUAAGCAAUCACGUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACAUCAAGUGGAGUGUU---| AA A UU UU C CGUUUU AUCUU AGAG UAGUAUUCA GG CAGU GAUA \ UAGAA UUUC GUCAUAAGU UU GUCA CUAU A CUGCACUAACGAAUACCUAA^ GG - CU GG - CUAUUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Hme-Mir-3-P20_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUAUUCAUUGGUUCAGUCGAUA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Hme-Mir-3-P20_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCACUGGGUUUCUGAAUACUGC -60
Get sequence
|
