| MirGeneDB ID | Hme-Mir-9-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hme-Mir-9-P10 Hme-Mir-9-P11 Hme-Mir-9-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dan-Mir-9-P9 Dgr-Mir-9 Dlo-Mir-9-P9 Dma-Mir-9-P9 Dme-Mir-9-P9 Dmo-Mir-9-P9 Dpu-Mir-9-P9 Dsi-Mir-9-P9 Dya-Mir-9-P9 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 Tca-Mir-9-P9a Tca-Mir-9-P9b-v1 Tca-Mir-9-P9c-v1 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
HE671859: 114241-114299 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P9) |
Mir-3-P27
HE671859: 110477-110535 [-]
Ensembl
Mir-3-P26 HE671859: 110635-110693 [-] Ensembl Mir-3-P25 HE671859: 110796-110850 [-] Ensembl Mir-3-P24 HE671859: 110937-110990 [-] Ensembl Mir-3-P23 HE671859: 111487-111543 [-] Ensembl Mir-3-P22 HE671859: 111736-111797 [-] Ensembl Mir-3-P21 HE671859: 112176-112234 [-] Ensembl Mir-3-P20 HE671859: 112283-112342 [-] Ensembl Mir-3-P19 HE671859: 112455-112513 [-] Ensembl Mir-3-P18 HE671859: 112729-112787 [-] Ensembl Mir-3-P17 HE671859: 113173-113233 [-] Ensembl Mir-3-P16 HE671859: 113306-113364 [-] Ensembl Mir-3-P15 HE671859: 113451-113508 [-] Ensembl Mir-3-P14 HE671859: 113699-113757 [-] Ensembl Mir-9-P9 HE671859: 114241-114299 [-] Ensembl |
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| Seed | UAAAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUCUUUUCAGCAUAUUUCACUUUUCGUGUAUUUGGUGAUUCAGCUUAUGACGUUACAAUAUACGUUAUAAAGCUGUUUCACUAAAUGUACGCGUAGUGAAAUUCAACAAAUGGUGUAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUCUUUUCAGCAUAUU-- UUU UU -| CGUUAC UCACU CGUGUAUUUGGUGA CAGC UUAUGA A AGUGA GCAUGUAAAUCACU GUCG AAUAUU A AAUGUGGUAAACAACUUAA UGC UU A^ GCAUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hme-Mir-9-P9_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUUUGGUGAUUCAGCUUAUGA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Hme-Mir-9-P9_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUAAAGCUGUUUCACUAAAUGU -59
Get sequence
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