| MirGeneDB ID | Dmo-Mir-3-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dmo-mir-318 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dmo-Mir-3-P1 Dmo-Mir-3-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dan-Mir-3-P3 Dlo-Mir-3 Dma-Mir-3 Dme-Mir-3-P3 Dpu-Mir-3 Dsi-Mir-3-P3 Dya-Mir-3-P3 Gpa-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6540: 5225350-5225408 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-P3) |
Mir-9717
scaffold_6540: 5225063-5225119 [-]
Ensembl
Mir-2-P9 scaffold_6540: 5225196-5225264 [+] Ensembl Mir-3-P3 scaffold_6540: 5225350-5225408 [+] Ensembl |
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| Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAAAUGUGAUUAAGGAUUUCAAUUUAUGGGAUACACUAAGUUCAGUUUUGUCAGAUGUCCAAGCAUCACUGGGCUUUGUUUAUCUCAUAAGAGCGAAAUUUGUUCAACUUACGGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUGAAAUGUGAUUAAGG- AA-| C U UU UCAGAU AUUUC UUUAUGGGAUA AC AAGUUCAGU UG \ UAAAG GAAUACUCUAU UG UUCGGGUCA AC G CAGGGCAUUCAACUUGUU CGA^ U U CU GAACCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dmo-Mir-3-P3_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUACACUAAGUUCAGUUUUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dmo-Mir-3-P3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008684 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCACUGGGCUUUGUUUAUCUCA -59
Get sequence
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