| MirGeneDB ID | Bge-Mir-3-P28b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cockroach (Blattella germanica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bge-Mir-3-P28a-v1 Bge-Mir-3-P29-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dlo-Mir-3 Dma-Mir-3 Dpu-Mir-3 Gpa-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. germanica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Bger_2.0) |
KZ614999.1: 53646-53704 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-P28b-v1) |
Novel-20
KZ614999.1: 53381-53441 [-]
Ensembl
Mir-3-P28b-v1 KZ614999.1: 53646-53704 [-] Ensembl Mir-3-P28b-v2 KZ614999.1: 53646-53704 [-] Ensembl Mir-3-P29-v1 KZ614999.1: 54531-54589 [-] Ensembl Mir-3-P29-v2 KZ614999.1: 54531-54589 [-] Ensembl Mir-36 KZ614999.1: 58272-58329 [-] Ensembl |
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| Variant | Bge-Mir-3-P28b-v1 |
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| Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGAGAGGGUCAUACGCACUAGUGGUGGGUGAUAGUGACUCCCCAAGUGAUGCUACAUUCUGAACGUAUCACUGGGAAGACAUUAUCGUUAGCUACAAGUGAAAAGCAACAAACUAAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAGAGAGGGUCAUACGC--| A GG A C A CUACAU ACU GUGGU GUGAUAGUG CU CCCA GUGAUG U UGA CAUCG UGCUAUUAC GA GGGU CACUAU C AAAAUCAAACAACGAAAAG^ A AU A A - GCAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bge-Mir-3-P28b-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAUAGUGACUCCCCAAGUGAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bge-Mir-3-P28b-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCACUGGGAAGACAUUAUCGU -59
Get sequence
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| Variant | Bge-Mir-3-P28b-v2 |
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| Seed | UCACUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGAGAGGGUCAUACGCACUAGUGGUGGGUGAUAGUGACUCCCCAAGUGAUGCUACAUUCUGAACGUAUCACUGGGAAGACAUUAUCGUUAGCUACAAGUGAAAAGCAACAAACUAAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAGAGAGGGUCAUACGC--| A GG A C A UACAU ACU GUGGU GUGAUAGUG CU CCCA GUGAUGC U UGA CAUCG UGCUAUUAC GA GGGU CACUAUG C AAAAUCAAACAACGAAAAG^ A AU A A - CAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bge-Mir-3-P28b-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAUAGUGACUCCCCAAGUGAUGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Bge-Mir-3-P28b-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUCACUGGGAAGACAUUAUCGU -59
Get sequence
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