| MirGeneDB ID | Tca-Mir-11618-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-11618 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-11618a-5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-11618-P1 Tca-Mir-11618-P2 Tca-Mir-11618-P3a Tca-Mir-11618-P4 Tca-Mir-11618-P5 Tca-Mir-11618-P6 Tca-Mir-11618-P7 Tca-Mir-11618-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
KQ972170: 11882-11940 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-11618-P3b) |
Mir-11619-P1
KQ972170: 7940-7998 [-]
Ensembl
Mir-3-P12b KQ972170: 8053-8111 [-] Ensembl Mir-11617-P5 KQ972170: 9816-9873 [-] Ensembl Mir-3851-P4d KQ972170: 11063-11122 [-] Ensembl Mir-11618-P7 KQ972170: 11485-11543 [-] Ensembl Mir-11618-P3b KQ972170: 11882-11940 [-] Ensembl Mir-3851-P8b KQ972170: 12040-12099 [-] Ensembl Mir-3851-P8a KQ972170: 24398-24457 [+] Ensembl Mir-11618-P3a KQ972170: 24557-24615 [+] Ensembl Mir-11618-P8 KQ972170: 25845-25903 [+] Ensembl Mir-3851-P4c KQ972170: 26268-26327 [+] Ensembl Mir-11621-P2b KQ972170: 27366-27424 [+] Ensembl Mir-11617-P4 KQ972170: 27517-27574 [+] Ensembl Mir-3-P12a KQ972170: 29279-29337 [+] Ensembl Mir-11619-P2 KQ972170: 29392-29450 [+] Ensembl |
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| Seed | UGAUCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACACAUUUGUACAAAAUGUUUUCGAUAAAUAGUUAGCAUUGGUCGUUUCUAUGCUUCUUCGUGGUCAUUGAUCGGCCAAUGUUCGCUUUAUUUCGAAUCCUCUAGCAACUGGAACAAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACACAUUUGUACAAAAUGUU--| UAAAU U UU U CUUCU UUCGA AGU AGCAUUGGUCG UC AUG U AAGCU UCG UUGUAACCGGC AG UAC C UAAACAAGGUCAACGAUCUCCU^ UUAUU C U- U UGGUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-11618-P3b_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0045489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUAGCAUUGGUCGUUUCUAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-11618-P3b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0045966 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUGAUCGGCCAAUGUUCGCUUU -59
Get sequence
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