| MirGeneDB ID | Tca-Mir-11618-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-11618 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-11618a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-11618-P2 Tca-Mir-11618-P3a Tca-Mir-11618-P3b Tca-Mir-11618-P4 Tca-Mir-11618-P5 Tca-Mir-11618-P6 Tca-Mir-11618-P7 Tca-Mir-11618-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG2: 1147094-1147152 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-11618-P1) |
Mir-11619-P5
LG2: 1139937-1139997 [+]
Ensembl
Mir-3-P11 LG2: 1140475-1140533 [+] Ensembl Mir-11618-P6 LG2: 1141029-1141087 [+] Ensembl Mir-3851-P5a LG2: 1141446-1141505 [+] Ensembl Mir-3-P13b LG2: 1141776-1141834 [+] Ensembl Mir-11621-P2a LG2: 1142245-1142303 [+] Ensembl Mir-11617-P6b LG2: 1142386-1142443 [+] Ensembl Mir-11618-P4 LG2: 1143177-1143235 [+] Ensembl Mir-3-P8 LG2: 1143938-1143997 [+] Ensembl Mir-11619-P4 LG2: 1144051-1144110 [+] Ensembl Mir-3-P10 LG2: 1144355-1144413 [+] Ensembl Mir-11618-P5 LG2: 1144897-1144955 [+] Ensembl Mir-3851-P4a LG2: 1145318-1145377 [+] Ensembl Mir-3-P13a LG2: 1145669-1145727 [+] Ensembl Mir-11621-P1 LG2: 1146138-1146196 [+] Ensembl Mir-11617-P6a LG2: 1146293-1146350 [+] Ensembl Mir-11618-P1 LG2: 1147094-1147152 [+] Ensembl |
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| Seed | AUACCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAACAUUUUUACAAAAUGUUUUCGAUGUAUAGUUAGCAUUGGUCGUUUCUAUGCUUUUUUGUGAUCAUAUACCGAUCGAUGCUCGCUUUAUUUCGAGUCACAUAACUGGAACGAAUAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAACAUUUUUACAAAAU- U-| U U U UUUC CUUUU GU UUCGA GUA AGU AGCAUUGGUCG UAUG U CA GAGCU UAU UCG UCGUAGCUAGC AUAC U AAAUAAGCAAGGUCAAUA CU^ U U C CAU- UAGUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-11618-P1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0045489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUAGCAUUGGUCGUUUCUAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-11618-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0045490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUACCGAUCGAUGCUCGCUUU -59
Get sequence
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