| MirGeneDB ID | Tca-Mir-11619-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-11619 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-11619a-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-11619-P1 Tca-Mir-11619-P2 Tca-Mir-11619-P4 Tca-Mir-11619-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG2: 374318-374376 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-11619-P3) |
Mir-11617-P1
LG2: 342479-342539 [-]
Ensembl
Mir-3-P9a LG2: 342886-342945 [-] Ensembl Mir-11617-P2 LG2: 364058-364118 [-] Ensembl Mir-3-P7-v1 LG2: 364450-364510 [-] Ensembl Mir-3-P7-v2 LG2: 364450-364510 [-] Ensembl Mir-3851-P9a LG2: 370015-370074 [-] Ensembl Mir-3851-P4b LG2: 371022-371081 [+] Ensembl Mir-11617-P3 LG2: 372276-372333 [+] Ensembl Mir-11619-P3 LG2: 374318-374376 [+] Ensembl |
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| Seed | GAAGCGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACAGCAAGCAGUAACUUUCGAACGGAACACGAAGUCUGUGAUAUUCUUCAUUUUAUAAUUUAACAAAUGAAGCGUCAUUGGCUUGGUUUUUCGUUCAACACCACUUCGUCCAACGUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AACAGCAAGCAGUAACUUUC--| C G U AUU UUAUAA GAACGGAA AC AAGUC GUGAU CUUCAUU \ CUUGCUUU UG UUCGG UACUG GAAGUAA U CUUGCAACCUGCUUCACCACAA^ U G U C-- ACAAUU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-11619-P3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0045515 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGAAGUCUGUGAUAUUCUUCAUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-11619-P3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0045516 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGAAGCGUCAUUGGCUUGGUU -59
Get sequence
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