| MirGeneDB ID | Aga-Mir-279-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aga-mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aga-Mir-279-P1a Aga-Mir-279-P1b Aga-Mir-279-P3 Aga-Mir-279-P25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-279-P2 Agr-Mir-279 Bge-Mir-279-P2 Bko-Mir-279-o2 Bpl-Mir-279 Dan-Mir-279-P2 Dlo-Mir-279-P2 Dma-Mir-279-P2 Dme-Mir-279-P2 Dmo-Mir-279-P2 Dpu-Mir-279-P2 Dsi-Mir-279-P2 Dya-Mir-279-P2 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gpa-Mir-279-P2 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hme-Mir-279-o2 Hme-Mir-279-P2 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 Tca-Mir-279-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064601.1: 53947583-53947645 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P2) |
Mir-279-P3
NC_064601.1: 53947088-53947150 [-]
Ensembl
Mir-279-P2 NC_064601.1: 53947583-53947645 [-] Ensembl |
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| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUUAGAAAAAACUUUUCCUAUCAGUGUAAAUGGGUGUGAAUCUAGUGAUUUCACAUGAAUUUUCAAUUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAAUGUUGUUUGGAACCAUUCAGCCGACAAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUUUAGAAAAAACUUU--| UAU UG A A UGAUU UGAAU UCC CAG U AAUGGGUGUG AUCUAG UCACA U AGG GUU A UUACUCACAC UAGAUC AGUGU U ACUAACAGCCGACUUACCA^ UUU GU A C ----- UAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aga-Mir-279-P2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUGGGUGUGAAUCUAGUGAUUUCACA -27
Get sequence
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| Mature sequence | Aga-Mir-279-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001512 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UGACUAGAUCCACACUCAUUAA -63
Get sequence
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