| MirGeneDB ID | Dma-Mir-279-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large common water flea (Daphnia magna) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dma-Mir-279-o8 Dma-Mir-279-o9 Dma-Mir-279-P1c Dma-Mir-279-P1d Dma-Mir-279-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-279-P2 Aga-Mir-279-P2 Agr-Mir-279 Bge-Mir-279-P2 Bko-Mir-279-o2 Bpl-Mir-279 Dan-Mir-279-P2 Dlo-Mir-279-P2 Dme-Mir-279-P2 Dmo-Mir-279-P2 Dpu-Mir-279-P2 Dsi-Mir-279-P2 Dya-Mir-279-P2 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gpa-Mir-279-P2 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hme-Mir-279-o2 Hme-Mir-279-P2 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 Tca-Mir-279-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DMA_ASM399081) |
NC_046174.1: 9091292-9091368 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P2) |
Mir-279-P2
NC_046174.1: 9091292-9091368 [+]
Ensembl
Mir-279-P3 NC_046174.1: 9091763-9091828 [+] Ensembl |
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| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGUUGCUUUUAUUUAACCCAGCUUCGUUCGGUGGAUAUGGUUCUCGUGACAUGGCUUUUAUCGGCUUUGAUUUCCGAGUGCACAUGACUAGAUCCAUACUCACCAGACGAGAUUGGGGCAAUCAUCGUUUAAGCCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGUUGCUUUUAUUUAA--| C UC GA U C GA GCUUUUAUCGGCUU CCCAG UUCGU GGUG UAUGG UCU GU CAUG \ GGGUU GAGCA CCAC AUACC AGA CA GUAC U GCCGAAUUUGCUACUAACG^ A GA UC U U -- ACGUGAGCCUUUAG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dma-Mir-279-P2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUGGAUAUGGUUCUCGUGACAUG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Dma-Mir-279-P2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
55- UGACUAGAUCCAUACUCACCAG -77
Get sequence
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