| MirGeneDB ID | Dpu-Mir-965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-965 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dpu-mir-965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-965 Aga-Mir-965 Bge-Mir-965 Dan-Mir-965 Dlo-Mir-965 Dma-Mir-965 Dme-Mir-965 Dmo-Mir-965 Dsi-Mir-965 Dya-Mir-965 Gpa-Mir-965 Hme-Mir-965 Tca-Mir-965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_32: 27782-27843 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-965) |
Mir-965
DAPPUscaffold_32: 27782-27843 [-]
Ensembl
Mir-36 DAPPUscaffold_32: 68520-68579 [-] Ensembl Mir-279-P1d DAPPUscaffold_32: 68663-68726 [-] Ensembl Mir-29-P2 DAPPUscaffold_32: 69280-69354 [-] Ensembl Mir-2-P5 DAPPUscaffold_32: 69416-69503 [-] Ensembl Mir-9-P9 DAPPUscaffold_32: 69575-69633 [-] Ensembl Mir-279-P1c DAPPUscaffold_32: 69703-69769 [-] Ensembl |
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| Seed | AAGCGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACAAUUAAUGUGAAGAAGUGUGCAAAGCAAGGGAAAGGUUGUAGCUCUUAUGUCUCAUUUUGAUUAGCAUAAGCGUAUGGCUUUUCCCCUGCAGUGUCACUUGAUGAACUGCUGUGGCAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AACAAUUAAUGUGAAGA---| U AA A UG G U UCUCAUU AGUG GCA GCA GGGAAAGGU UA C CUUAUG \ UCAC UGU CGU CCCUUUUCG AU G GAAUAC U CUACGGUGUCGUCAAGUAGU^ - GA C GU - C GAUUAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dpu-Mir-965_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGAAAGGUUGUAGCUCUUAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dpu-Mir-965_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0012674 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAAGCGUAUGGCUUUUCCCCUG -62
Get sequence
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