MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Dpu-Mir-36

Family name MIR-36 (all species)
Species Common water flea (Daphnia pulex)
MiRBase ID
Paralogues
Orthologues Agr-Mir-36  Asu-Mir-36-o27  Asu-Mir-36-o28  Asu-Mir-36-o29-v1  Asu-Mir-36-o30  Asu-Mir-36-o31  Asu-Mir-36-o32  Ava-Mir-36-P26a  Ava-Mir-36-P26b  Ava-Mir-36-P27  Ava-Mir-36-P28a  Ava-Mir-36-P28b  Ava-Mir-36-P29a  Ava-Mir-36-P29b  Bge-Mir-36  Bko-Mir-36-P16a  Bko-Mir-36-P16b  Bko-Mir-36-P18a  Bko-Mir-36-P18b  Bpl-Mir-36-P16  Bpl-Mir-36-P17  Bpl-Mir-36-P18  Cbr-Mir-36-o1  Cbr-Mir-36-o2  Cbr-Mir-36-o3  Cbr-Mir-36-o4  Cbr-Mir-36-o5  Cbr-Mir-36-o6  Cbr-Mir-36-o7a  Cbr-Mir-36-o7b  Cbr-Mir-36-o7c  Cbr-Mir-36-o8a  Cbr-Mir-36-o8b  Cbr-Mir-36-o8c  Cbr-Mir-36-o9  Cbr-Mir-36-o10  Cbr-Mir-36-o11  Cbr-Mir-36-o12  Cbr-Mir-36-o13  Cbr-Mir-36-o14  Cbr-Mir-36-o15  Cbr-Mir-36-o16  Cbr-Mir-36-o17  Cbr-Mir-36-o18  Cbr-Mir-36-o19  Cbr-Mir-36-o20  Cbr-Mir-36-o21  Cbr-Mir-36-o22  Cbr-Mir-36-o23  Cbr-Mir-36-o24  Cbr-Mir-36-o25  Cbr-Mir-36-o26  Cel-Mir-36-P1  Cel-Mir-36-P2  Cel-Mir-36-P3  Cel-Mir-36-P4  Cel-Mir-36-P5  Cel-Mir-36-P6  Cel-Mir-36-P7  Cel-Mir-36-P8  Cte-Mir-36  Dgr-Mir-36  Dlo-Mir-36  Dma-Mir-36  Eba-Mir-36  Efe-Mir-36-P9  Efe-Mir-36-P10  Egr-Mir-36-o36  Egr-Mir-36-o37  Esc-Mir-36-P14  Esc-Mir-36-P15  Gsa-Mir-36-o38  Gsa-Mir-36-o39  Gsp-Mir-36  Isc-Mir-36  Lhy-Mir-36  Llo-Mir-36  Lpo-Mir-36-P11  Lpo-Mir-36-P12  Lpo-Mir-36-P13  Mgi-Mir-36  Mom-Mir-36  Npo-Mir-36  Obi-Mir-36-P14  Obi-Mir-36-P15  Ofu-Mir-36  Ovu-Mir-36-P14  Ovu-Mir-36-P15  Pau-Mir-36  Pca-Mir-36-P23  Pca-Mir-36-P24  Pca-Mir-36-P25  Pcr-Mir-36  Pdu-Mir-36  Pve-Mir-36  Rph-Mir-36  Sma-Mir-36-o33  Sma-Mir-36-o34  Sma-Mir-36-o35  Sme-Mir-36-P19  Sme-Mir-36-P20a  Sme-Mir-36-P20b  Sne-Mir-36-P21  Sne-Mir-36-P22  Snu-Mir-36  Tca-Mir-36  Tur-Mir-36-P30  Tur-Mir-36-P31  Tur-Mir-36-P32  Tur-Mir-36-P33  Tur-Mir-36-P34  Tur-Mir-36-P35  Tur-Mir-36-P36  War-Mir-36 
Node of Origin (locus) Protostomia
Node of Origin (family) Protostomia
Genome context
(Daphnia_pulex.V1.0)		 DAPPUscaffold_32: 68520-68579 [-] Ensembl
Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-36)		 Mir-965 DAPPUscaffold_32: 27782-27843 [-] Ensembl
Mir-36 DAPPUscaffold_32: 68520-68579 [-] Ensembl
Mir-279-P1d DAPPUscaffold_32: 68663-68726 [-] Ensembl
Mir-29-P2 DAPPUscaffold_32: 69280-69354 [-] Ensembl
Mir-2-P5 DAPPUscaffold_32: 69416-69503 [-] Ensembl
Mir-9-P9 DAPPUscaffold_32: 69575-69633 [-] Ensembl
Mir-279-P1c DAPPUscaffold_32: 69703-69769 [-] Ensembl
Seed CACCGGG
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)		 
UCGUGCAUUCUCCGAGUACUUGGUAUUUAUCGGUGAAUUCGACCGUGGUUUUGUUUCUUUUUCUAACAUCACCGGGUAGAAUUCAUCCAGAAUUAUCAAGUUUCAUACAUCUACUGUAAG
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50          
UCGUGCAUUCUCCGAGU--|       U  AUC         G   G    UU  UUUCUU 
                   ACUUGGUA UU   GGUGAAUUC ACC UGGU  UG      \
                   UGAACUAU AA   CUACUUAAG UGG GCCA  AC      U
GAAUGUCAUCUACAUACUU^       U  GAC         A   -    CU  AAUCUU 
.       110       100        90        80         70
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsCNNC at 3p(+17)
Tissue expression
- +
To
Star sequence

Dpu-Mir-36_5p*
mirBase accessionNone
Sequence 
0- CGGUGAAUUCGACCGUGGUUUUG -23
Get sequence
Mature sequence

Dpu-Mir-36_3p
mirBase accessionNone
Sequence 
38- UCACCGGGUAGAAUUCAUCCAG -60
Get sequence