| MirGeneDB ID | Cbr-Mir-36-o14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-36 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cbr-mir-35e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cbr-Mir-36-o1 Cbr-Mir-36-o2 Cbr-Mir-36-o3 Cbr-Mir-36-o4 Cbr-Mir-36-o5 Cbr-Mir-36-o6 Cbr-Mir-36-o7a Cbr-Mir-36-o7b Cbr-Mir-36-o7c Cbr-Mir-36-o8a Cbr-Mir-36-o8b Cbr-Mir-36-o8c Cbr-Mir-36-o9 Cbr-Mir-36-o10 Cbr-Mir-36-o11 Cbr-Mir-36-o12 Cbr-Mir-36-o13 Cbr-Mir-36-o15 Cbr-Mir-36-o16 Cbr-Mir-36-o17 Cbr-Mir-36-o18 Cbr-Mir-36-o19 Cbr-Mir-36-o20 Cbr-Mir-36-o21 Cbr-Mir-36-o22 Cbr-Mir-36-o23 Cbr-Mir-36-o24 Cbr-Mir-36-o25 Cbr-Mir-36-o26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-36 Bge-Mir-36 Cte-Mir-36 Dgr-Mir-36 Dlo-Mir-36 Dma-Mir-36 Dpu-Mir-36 Eba-Mir-36 Esc-Mir-36-P14 Gsp-Mir-36 Isc-Mir-36 Lhy-Mir-36 Llo-Mir-36 Mgi-Mir-36 Mom-Mir-36 Npo-Mir-36 Obi-Mir-36-P14 Ofu-Mir-36 Ovu-Mir-36-P14 Pau-Mir-36 Pcr-Mir-36 Pdu-Mir-36 Pve-Mir-36 Rph-Mir-36 Snu-Mir-36 Tca-Mir-36 War-Mir-36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
X: 15371290-15371352 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-36-o14) |
Mir-36-o11
X: 15370852-15370914 [+]
Ensembl
Mir-36-o15 X: 15371011-15371072 [+] Ensembl Mir-36-o2 X: 15371151-15371212 [+] Ensembl Mir-36-o14 X: 15371290-15371352 [+] Ensembl Mir-36-o3 X: 15372046-15372108 [+] Ensembl Mir-36-o4 X: 15372216-15372277 [+] Ensembl Mir-36-o5 X: 15372356-15372417 [+] Ensembl Mir-36-o6 X: 15372549-15372611 [+] Ensembl Mir-36-o7c X: 15372700-15372762 [+] Ensembl Mir-36-o8c X: 15372864-15372926 [+] Ensembl Mir-36-o7b X: 15373015-15373077 [+] Ensembl Mir-36-o8b X: 15373179-15373241 [+] Ensembl Mir-36-o7a X: 15373330-15373392 [+] Ensembl Mir-36-o9 X: 15373482-15373545 [+] Ensembl Mir-36-o8a X: 15373647-15373709 [+] Ensembl Mir-36-o10 X: 15373788-15373849 [+] Ensembl Mir-36-o18 X: 15374070-15374131 [+] Ensembl Mir-36-o16 X: 15374480-15374545 [+] Ensembl Mir-36-o17 X: 15374624-15374686 [+] Ensembl Mir-36-o12 X: 15375015-15375077 [+] Ensembl Mir-36-o26 X: 15378480-15378543 [+] Ensembl |
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| Seed | CACCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACUAAUCUUUGAGGUCCGAGUCGGACCUGCCCUGAUUCUUGCUGCAGUGAUAUUUCGAACGGCUAGAUUAUCACCGGGUGACAAUUAGGACAGGUCCGACCCCUAGUGACCCGGAUUGCUUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UACUAAUCUUUGAGGUCCGA--| C C UG GCA UUUCGAA GUCGGACCUG CCUGAUU U CU GUGAUA C CAGCCUGGAC GGAUUAA A GG CACUAU G AUUCGUUAGGCCCAGUGAUCCC^ A C GU GC- UAGAUCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Mir-36-o14_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCUGAUUCUUGCUGCAGUGAUA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Mir-36-o14_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0011468 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UCACCGGGUGACAAUUAGGACA -63
Get sequence
|
