| MirGeneDB ID | Cel-Mir-36-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-36 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-36-P1 Cel-Mir-36-P2 Cel-Mir-36-P3 Cel-Mir-36-P5 Cel-Mir-36-P6 Cel-Mir-36-P7 Cel-Mir-36-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-36 Bge-Mir-36 Cbr-Mir-36-o4 Cte-Mir-36 Dgr-Mir-36 Dlo-Mir-36 Dma-Mir-36 Dpu-Mir-36 Eba-Mir-36 Gsp-Mir-36 Isc-Mir-36 Lhy-Mir-36 Llo-Mir-36 Mgi-Mir-36 Mom-Mir-36 Npo-Mir-36 Ofu-Mir-36 Pau-Mir-36 Pcr-Mir-36 Pdu-Mir-36 Pve-Mir-36 Rph-Mir-36 Snu-Mir-36 Tca-Mir-36 War-Mir-36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrII: 11537949-11538011 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-36-P4) |
Mir-36-P1
chrII: 11537629-11537689 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-36-P2 chrII: 11537732-11537794 [+] UCSC Ensembl Mir-36-P3 chrII: 11537854-11537914 [+] UCSC Ensembl Mir-36-P4 chrII: 11537949-11538011 [+] UCSC Ensembl Mir-36-P5 chrII: 11538103-11538164 [+] UCSC Ensembl Mir-36-P6 chrII: 11538199-11538260 [+] UCSC Ensembl Mir-36-P7 chrII: 11538324-11538389 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | CACCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCGUGGUUUCUCUGUGAGCCAGGUCCUGUUCCGGUUUUUUCCGUGGUGAUAACGCAUCCAAAAGUCUCUAUCACCGGGAGAAAAACUGGAGUAGGACCUGUGACUCAUUCCGAUUUCUGGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCGUGGUUUCUCUGUGAGC-- -| G ACGCAUCC CAGGUCCUGUUCCGG UUUUUUCC UGGUGAUA \ GUCCAGGAUGAGGUC AAAAGAGG GCCACUAU A GAGGUCUUUAGCCUUACUCAGU A^ - CUCUGAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-36-P4_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCGGUUUUUUCCGUGGUGAUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cel-Mir-36-P4_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UCACCGGGAGAAAAACUGGAGU -63
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000009 TargetScanWorm: cel-miR-38 |
