| MirGeneDB ID | Cel-Mir-36-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-36 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-36-P1 Cel-Mir-36-P2 Cel-Mir-36-P3 Cel-Mir-36-P4 Cel-Mir-36-P5 Cel-Mir-36-P6 Cel-Mir-36-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-36 Bge-Mir-36 Cbr-Mir-36-o8a Cbr-Mir-36-o8b Cbr-Mir-36-o8c Cte-Mir-36 Dgr-Mir-36 Dlo-Mir-36 Dma-Mir-36 Dpu-Mir-36 Eba-Mir-36 Gsp-Mir-36 Isc-Mir-36 Lhy-Mir-36 Llo-Mir-36 Mgi-Mir-36 Mom-Mir-36 Npo-Mir-36 Ofu-Mir-36 Pau-Mir-36 Pcr-Mir-36 Pdu-Mir-36 Pve-Mir-36 Rph-Mir-36 Snu-Mir-36 Tca-Mir-36 War-Mir-36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrII: 11889823-11889891 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-36-P8) |
Mir-5594
chrII: 11865130-11865187 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-279-P11 chrII: 11880959-11881025 [-] UCSC Ensembl Mir-36-P8 chrII: 11889823-11889891 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o4 chrII: 11889930-11889992 [+] UCSC Ensembl Mir-279-P10 chrII: 11890038-11890103 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | CACCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAAAUCCCCAUAAACCCUUCGCGGACCUUUGUGGGUGUUUGCUUUUUCGGUGAAGUUGUCUUCCGUAGCUUCUUCUUCACCGGGUUAACAUCUACAGAGGUCCAAAAAGGGGUAACUAUUGGCACUAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAAAAUCCCCAUAAACCCUUCGC--| U UUUU UUGUCUUCC GGACCUUUGUGGGUGUU GCU CGGUGAAG \ CCUGGAGACAUCUACAA UGG GCCACUUC G GAUCACGGUUAUCAAUGGGGAAAAA^ U ---- UUCUUCGAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-36-P8_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0015095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUGGGUGUUUGCUUUUUCGGUGAAG -26
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0015095 |
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| Mature sequence | Cel-Mir-36-P8_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
47- UCACCGGGUUAACAUCUACAGA -69
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000013 TargetScanWorm: cel-miR-42 |
