MirGeneDB ID | Asu-Mir-36-o32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-36 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Large roundworm (Ascaris suum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | asu-mir-5348 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Asu-Mir-36-o27 Asu-Mir-36-o28 Asu-Mir-36-o29-v1 Asu-Mir-36-o29-v2 Asu-Mir-36-o30 Asu-Mir-36-o31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bge-Mir-36 Cgi-Mir-36 Cte-Mir-36 Dma-Mir-36 Dpu-Mir-36 Isc-Mir-36 Npo-Mir-36 Tca-Mir-36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. suum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ASU_PRJNA80881_plustraces) |
Scaffold123: 289846-289901 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-36-o32) |
Mir-5350-P4
Scaffold123: 289536-289593 [-]
Mir-36-o32 Scaffold123: 289846-289901 [-] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUAUCAGUAUCAUUUCGCUAGGUACGUGACAGAAGUUGAGUCUAGUUGAGACUGAUAUGUUUCUCACCGGGCAACAACUUCUGUCUCGUGGUAGUAGCUGACGUCAAAUCUAGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUUAUCAGUAUCAUUUC---| GG U A- UA U CUGA GCUA UACG GACAGAAGUUG GUC GU GAGA U UGAU GUGC CUGUCUUCAAC CGG CA CUCU A CCGAUCUAAACUGCAGUCGA^ G- U AA GC - UUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Asu-Mir-36-o32_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0021548 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGAAGUUGAGUCUAGUUGAGA -22
Get sequence
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Mature sequence | Asu-Mir-36-o32_3p |
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mirBase accession | MIMAT0021549 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UCACCGGGCAACAACUUCUGUC -56
Get sequence
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