| MirGeneDB ID | Tur-Mir-36-P36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-36 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tur-Mir-36-P30 Tur-Mir-36-P31 Tur-Mir-36-P32 Tur-Mir-36-P33 Tur-Mir-36-P34 Tur-Mir-36-P35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-36 Bge-Mir-36 Cte-Mir-36 Dgr-Mir-36 Dlo-Mir-36 Dma-Mir-36 Dpu-Mir-36 Eba-Mir-36 Egr-Mir-36-o36 Gsp-Mir-36 Isc-Mir-36 Lhy-Mir-36 Llo-Mir-36 Mgi-Mir-36 Mom-Mir-36 Npo-Mir-36 Ofu-Mir-36 Pau-Mir-36 Pcr-Mir-36 Pdu-Mir-36 Pve-Mir-36 Rph-Mir-36 Snu-Mir-36 Tca-Mir-36 War-Mir-36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587309.1: 1097086-1097144 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-36-P36) |
Mir-279-P26
HE587309.1: 1091933-1091994 [+]
Ensembl
Novel-5 HE587309.1: 1096052-1096111 [+] Ensembl Mir-36-P30 HE587309.1: 1096172-1096231 [+] Ensembl Mir-36-P31 HE587309.1: 1096273-1096332 [+] Ensembl Mir-36-P32 HE587309.1: 1096476-1096535 [+] Ensembl Mir-36-P33 HE587309.1: 1096578-1096637 [+] Ensembl Mir-36-P34 HE587309.1: 1096882-1096941 [+] Ensembl Mir-36-P35 HE587309.1: 1096984-1097043 [+] Ensembl Mir-36-P36 HE587309.1: 1097086-1097144 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUGCAUCAUUCCUCAAUCAUCAAUCGAUCCGGUGGCUUCCUCCUCGGUGGAUGCUGACUUGAACCAUCACCGGGAUGAAGGCAUCUUAUUGCUUGACCUAUCUGCACCAUUCCCUAAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCUGCAUCAUUCCUCAAUCA--| U CC G C U G CUGAC UCAA CGAU GGUG CUUC UCC CGGUG AUG \ AGUU GUUA CUAC GAAG AGG GCCAC UAC U UAAUCCCUUACCACGUCUAUCC^ C UU G U - - CAAGU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tur-Mir-36-P36_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGUGGCUUCCUCCUCGGUGGAUG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tur-Mir-36-P36_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCACCGGGAUGAAGGCAUCUUA -59
Get sequence
|
