| MirGeneDB ID | Dan-Mir-9-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dan-mir-9c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dan-Mir-9-P9 Dan-Mir-9-P10 Dan-Mir-9-P12-v1 Dan-Mir-9-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-9-P11 Aga-Mir-9-P11 Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bge-Mir-9-P11 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Dme-Mir-9-P11 Dmo-Mir-9-P11 Dsi-Mir-9-P11 Dya-Mir-9-P11 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gpa-Mir-9-P11 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hme-Mir-9-P11 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_12916: 15865484-15865553 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P11) |
Mir-9-P13
scaffold_12916: 15864555-15864614 [-]
Ensembl
Mir-9-P12-v1 scaffold_12916: 15864734-15864795 [-] Ensembl Mir-9-P12-v2 scaffold_12916: 15864734-15864795 [-] Ensembl Mir-306 scaffold_12916: 15864875-15864933 [-] Ensembl Mir-9-P11 scaffold_12916: 15865484-15865553 [-] Ensembl |
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| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACGCACUCCCUUUCAUUAUUUUUGCUGUUUCUUUGGUAUUCUAGCUGUAGAUUGUUUCACGCACAUUGUAUAUCAUCUAAAGCUUUUAUACCAAAGCUCCAGCUUAAAUUGCUUAACAACGCACCAACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CACGCACUCCCUUUCAUU--| UU UUU UCU G UUGUUUCACGC AUUU GCUG CUUUGGUAU AGCU UAGA A UAAA CGAC GAAACCAUA UCGA AUCU C ACAACCACGCAACAAUUCGU^ UU CUC UUU A ACUAUAUGUUA . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dan-Mir-9-P11_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0008456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUAUUCUAGCUGUAGA -22
Get sequence
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| Star sequence | Dan-Mir-9-P11_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
48- UAAAGCUUUUAUACCAAAGCUC -70
Get sequence
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