| MirGeneDB ID | Aae-Mir-9-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Yellow fever mosquito (Aedes aegypti) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aae-mir-9c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aae-Mir-9-P10a Aae-Mir-9-P10b Aae-Mir-9-P12-v1 Aae-Mir-9-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aga-Mir-9-P11 Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bge-Mir-9-P11 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dan-Mir-9-P11 Dgr-Mir-9 Dme-Mir-9-P11 Dmo-Mir-9-P11 Dsi-Mir-9-P11 Dya-Mir-9-P11 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gpa-Mir-9-P11 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hme-Mir-9-P11 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Aaeg_L3) |
supercont1.785: 186231-186302 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P11) |
Mir-9-P11
supercont1.785: 186231-186302 [+]
Ensembl
Mir-306 supercont1.785: 213078-213173 [+] Ensembl Mir-9-P12-v1 supercont1.785: 213277-213338 [+] Ensembl Mir-9-P12-v2 supercont1.785: 213278-213337 [+] Ensembl Mir-9-P13 supercont1.785: 213584-213648 [+] Ensembl |
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| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUAUCCGUAUCCGUAUGAUUUCCGGCUGAAUCUUUGGUAUUCUAGCUGUAGAAUGUUGAGCUUUGUGAUAUGGUAUCUUCUAAAGCUUUAGUACCAGAGGUCCAACUGGGAAUUGCUUGCUACCGCUGCUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUAUCCGUAUCCGUAUG--| C A CU G AUGUUGAGCUUU AUUUCCGG UG AUCUUUGGUAUU AGCU UAGA G UAAGGGUC AC UGGAGACCAUGA UCGA AUCU U CGUCGUCGCCAUCGUUCGU^ A C UU A UCUAUGGUAUAG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aae-Mir-9-P11_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0014212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUAUUCUAGCUGUAGA -22
Get sequence
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| Star sequence | Aae-Mir-9-P11_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0014213 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
50- UAAAGCUUUAGUACCAGAGGUC -72
Get sequence
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