| MirGeneDB ID | Gpa-Mir-9-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tsetse fly (Glossina pallidipes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gpa-Mir-9-P10 Gpa-Mir-9-P12-v1 Gpa-Mir-9-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-9-P11 Aga-Mir-9-P11 Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bge-Mir-9-P11 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dan-Mir-9-P11 Dgr-Mir-9 Dme-Mir-9-P11 Dmo-Mir-9-P11 Dsi-Mir-9-P11 Dya-Mir-9-P11 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hme-Mir-9-P11 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GpalI1) |
Scaffold60: 384436-384498 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P11) |
Mir-9-P13
Scaffold60: 382083-382145 [-]
Ensembl
Mir-9-P12-v1 Scaffold60: 382326-382387 [-] Ensembl Mir-9-P12-v2 Scaffold60: 382326-382387 [-] Ensembl Mir-306 Scaffold60: 383833-383895 [-] Ensembl Mir-9-P11 Scaffold60: 384436-384498 [-] Ensembl |
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| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAACAAAUAAUCCAUACAUUUUGGUUGGUUCUUUGGUAUUCUAGCUGUAGAUUCAUAAUAAACUAUCAUCUAAAGCUUUUAUACCAAAGCUCCAGCUUAAAUUGCUUGCUGCACUUUGUUUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUAACAAAUAAUCCAUAC--| U UU UCU G UUCAUAAU AUUU GGUUGG CUUUGGUAU AGCU UAGA \ UAAA UCGACC GAAACCAUA UCGA AUCU A AUUUGUUUCACGUCGUUCGU^ U UC UUU A ACUAUCAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gpa-Mir-9-P11_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUAUUCUAGCUGUAGA -22
Get sequence
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| Star sequence | Gpa-Mir-9-P11_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAAAGCUUUUAUACCAAAGCUC -63
Get sequence
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