| MirGeneDB ID | Gpa-Mir-9-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tsetse fly (Glossina pallidipes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gpa-Mir-9-P10 Gpa-Mir-9-P11 Gpa-Mir-9-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-9-P12-v1 Aga-Mir-9-P12 Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bge-Mir-9-P12-v1 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dan-Mir-9-P12-v1 Dgr-Mir-9 Dlo-Mir-9-P12-v1 Dme-Mir-9-P12-v1 Dmo-Mir-9-P12-v1 Dsi-Mir-9-P12-v1 Dya-Mir-9-P12-v1 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hme-Mir-9-P12 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 Tca-Mir-9-P12 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GpalI1) |
Scaffold60: 382326-382387 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P12-v1) |
Mir-9-P13
Scaffold60: 382083-382145 [-]
Ensembl
Mir-9-P12-v1 Scaffold60: 382326-382387 [-] Ensembl Mir-9-P12-v2 Scaffold60: 382326-382387 [-] Ensembl Mir-306 Scaffold60: 383833-383895 [-] Ensembl Mir-9-P11 Scaffold60: 384436-384498 [-] Ensembl |
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| Variant | Gpa-Mir-9-P12-v1 |
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| Seed | AAAGCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGUGUGCUAUGCGCAUGUUAUAUUUCAUUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGAUUUGAUACCUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGAAAAUGCGCCUACAACUGCAGUAAUUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGUGUGCUAUGCGCAUGUUAUA--| U CGC G AUAGAUU UUUCA UGCUUUGG UUUAGCU UAUG U AAAGU ACGAAACC AGAUCGA AUAC G UUUUAAUGACGUCAACAUCCGCGUA^ U AUU A UUCCAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gpa-Mir-9-P12-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gpa-Mir-9-P12-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAAAGCUAGAUUACCAAAGCAU -62
Get sequence
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| Variant | Gpa-Mir-9-P12-v2 |
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| Seed | UAAAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGUGUGCUAUGCGCAUGUUAUAUUUCAUUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGAUUUGAUACCUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGAAAAUGCGCCUACAACUGCAGUAAUUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGUGUGCUAUGCGCAUGUUAUA--| U CGC G UAGAUU UUUCA UGCUUUGG UUUAGCU UAUGA U AAAGU ACGAAACC AGAUCGA AUACU G UUUUAAUGACGUCAACAUCCGCGUA^ U AUU A UCCAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gpa-Mir-9-P12-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gpa-Mir-9-P12-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAU -62
Get sequence
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