| MirGeneDB ID | Tca-Mir-11624-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-11624 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-11624c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-11624-P1a Tca-Mir-11624-P1b Tca-Mir-11624-P2 Tca-Mir-11624-P3 Tca-Mir-11624-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG6: 9853278-9853338 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-11624-P4) |
Mir-11624-P3
LG6: 9847531-9847590 [-]
Ensembl
Mir-11624-P4 LG6: 9853278-9853338 [+] Ensembl |
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| Seed | GAUAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUUUUAAAUACUAAUAGAUUGGUGUAAAAUUGAGACUUUAGUAUUUUCAUGCAAUUUAUGUCAACAUGAUAUGCUAAAGUGUCGGUUCUACAACAAUCACAAAUCAAUCUUCGAACUAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGUUUUAAAUACUAAUA---| G A G UU CAAUUU GAUUG UGUA AAUUGA ACUUUAGUAU UCAUG \ CUAAC ACAU UUGGCU UGAAAUCGUA AGUAC A GAUCAAGCUUCUAACUAAACA^ A C G U- AACUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-11624-P4_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0045544 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUUGAGACUUUAGUAUUUUCAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-11624-P4_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0045545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGAUAUGCUAAAGUGUCGGUUCU -61
Get sequence
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