| MirGeneDB ID | Tca-Mir-11624-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-11624 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-11624d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-11624-P1a Tca-Mir-11624-P1b Tca-Mir-11624-P2 Tca-Mir-11624-P3 Tca-Mir-11624-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG6: 9958318-9958377 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-11624-P5) |
Mir-3851-P1
LG6: 9956963-9957020 [-]
Ensembl
Mir-11624-P5 LG6: 9958318-9958377 [-] Ensembl |
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| Seed | UUGGGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUUGUAAAUUCUAAUAGAUUGGUGUAAAAUUGGGACUUUAGCAUUUUCAUGCAAUUUAUAUCAUCAUGAUGUGCUAAUGUGUCGGUUUUACAACAAUCACAAAUCAAUCUUCGAACUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGUUGUAAAUUCUAAUA--| G G U UU CAAUUU GAUUG UGUAAAAUUGG AC UUAGCAU UCAUG \ CUAAC ACAUUUUGGCU UG AAUCGUG AGUAC A AUCAAGCUUCUAACUAAACA^ A G U U- UACUAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tca-Mir-11624-P5_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0045532 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUUGGGACUUUAGCAUUUUCAUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Tca-Mir-11624-P5_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0045533 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGAUGUGCUAAUGUGUCGGUUU -60
Get sequence
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