| MirGeneDB ID | Cja-Mir-96-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-96-P1 Cja-Mir-96-P2 Cja-Mir-96-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-96-P3 Aga-Mir-96-P3 Agr-Mir-96-P3 Ami-Mir-96-P3-v1 Asu-Mir-96-P3 Ava-Mir-96-P3y Ava-Mir-96-P3z Bfl-Mir-96-P3 Bge-Mir-96-P3 Bko-Mir-96-P3 Bla-Mir-96-P3 Bpl-Mir-96-P3 Bta-Mir-96-P3-v1 Cbr-Mir-96-P3 Cel-Mir-96-P3 Cfa-Mir-96-P3-v1 Cin-Mir-96-P3 Cli-Mir-96-P3-v1 Cmi-Mir-96-P3-v1 Cpi-Mir-96-P3-v1 Cpo-Mir-96-P3-v1 Csc-Mir-96-P3w Csc-Mir-96-P3x Cte-Mir-96-P3 Dan-Mir-96-P3 Dgr-Mir-96-P3 Dlo-Mir-96-P3 Dma-Mir-96-P3 Dme-Mir-96-P3 Dmo-Mir-96-P3 Dno-Mir-96-P3-v1 Dpu-Mir-96-P3 Dre-Mir-96-P3a-v1 Dsi-Mir-96-P3 Dya-Mir-96-P3 Eba-Mir-96-P3 Ebu-Mir-96-P3e Ebu-Mir-96-P3f Eca-Mir-96-P3-v1 Egr-Mir-96-P3 Ete-Mir-96-P3-v1 Gga-Mir-96-P3-v1 Gja-Mir-96-P3-v1 Gmo-Mir-96-P3a-v1 Gpa-Mir-96-P3 Gsp-Mir-96-P3 Hme-Mir-96-P3 Hru-Mir-96-P3 Hsa-Mir-96-P3-v1 Isc-Mir-96-P3 Lan-Mir-96-P3 Lch-Mir-96-P3 Lgi-Mir-96-P3 Lhy-Mir-96-P3 Llo-Mir-96-P3 Loc-Mir-96-P3-v1 Lpo-Mir-96-P3r Lpo-Mir-96-P3s Lpo-Mir-96-P3t Lpo-Mir-96-P3u Lpo-Mir-96-P3v Mal-Mir-96-P3a-v1 Mal-Mir-96-P3b-v1 Mdo-Mir-96-P3-v1 Mgi-Mir-96-P3 Mml-Mir-96-P3-v1 Mmr-Mir-96-P3-v1 Mmu-Mir-96-P3-v1 Mom-Mir-96-P3 Mun-Mir-96-P3-v1 Neu-Mir-96-P3-v1 Oan-Mir-96-P3-v1 Ocu-Mir-96-P3-v1 Ofu-Mir-96-P3 Pab-Mir-96-P3-v1 Pau-Mir-96-P3g Pau-Mir-96-P3h Pbv-Mir-96-P3-v1 Pca-Mir-96-P3 Pcr-Mir-96-P3 Pdu-Mir-96-P3 Pfl-Mir-96-P3 Pma-Mir-96-P3o1 Pma-Mir-96-P3o2 Pmi-Mir-96-P3 Pve-Mir-96-P3 Rno-Mir-96-P3-v1 Rph-Mir-96-P3 Sha-Mir-96-P3-v1 Sko-Mir-96-P3 Snu-Mir-96-P3 Spt-Mir-96-P3 Spu-Mir-96-P3 Sro-Mir-96-P3 Sto-Mir-96-P3-v1 Tca-Mir-96-P3 Tgu-Mir-96-P3 Tni-Mir-96-P3a Tni-Mir-96-P3b Tur-Mir-96-P3 War-Mir-96-P3 Xla-Mir-96-P3c-v1 Xla-Mir-96-P3d-v1 Xtr-Mir-96-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021922.1: 114707015-114707074 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-96-P3-v2) |
Mir-96-P3-v1
CM021922.1: 114707014-114707075 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-96-P3-v2 CM021922.1: 114707015-114707074 [+] UCSC Ensembl Mir-96-P1 CM021922.1: 114707241-114707302 [+] UCSC Ensembl Mir-96-P2 CM021922.1: 114711566-114711630 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cja-Mir-96-P3-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGGCACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGCCGCAGAACGUGACUCCUGUUCUGUGUAUGGCACUGGUAGAAUUCACUGUGAACAGUCUCAGUCAGUGAAUUACCGAAGGGCCAUAAACAGAGCAGAGACAGAUCCUCGAGGGCCUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGGCCGCAGAACGUGAC- - G AC--| GA UGAACA UC CUGUUCUGU UAUGGC UGGUA AUUCACUG G AG GACGAGACA AUACCG GCCAU UAAGUGAC U CUCCGGGAGCUCCUAGAC A A GGAA^ -- UGACUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cja-Mir-96-P3-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGGCACUGGUAGAAUUCACUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cja-Mir-96-P3-v2_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AGUGAAUUACCGAAGGGCCAUAA -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cja-Mir-96-P3-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGGCCGCAGAACGUGACUCCUGUUCUGUGUAUGGCACUGGUAGAAUUCACUGUGAACAGUCUCAGUCAGUGAAUUACCGAAGGGCCAUAAACAGAGCAGAGACAGAUCCUCGAGGGCCUCGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGGCCGCAGAACGUGA--- C G AC--| GA UGAACA CU CUGUUCUGU UAUGGC UGGUA AUUCACUG G GA GACGAGACA AUACCG GCCAU UAAGUGAC U GCUCCGGGAGCUCCUAGACA - A GGAA^ -- UGACUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cja-Mir-96-P3-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCACUGGUAGAAUUCACUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cja-Mir-96-P3-v1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GUGAAUUACCGAAGGGCCAUAAA -62
Get sequence
|
