| MirGeneDB ID | Sha-Mir-96-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-96-P1 Sha-Mir-96-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-96-P3 Aga-Mir-96-P3 Agr-Mir-96-P3 Ami-Mir-96-P3-v1 Asu-Mir-96-P3 Ava-Mir-96-P3y Ava-Mir-96-P3z Bfl-Mir-96-P3 Bge-Mir-96-P3 Bko-Mir-96-P3 Bla-Mir-96-P3 Bpl-Mir-96-P3 Bta-Mir-96-P3-v1 Cbr-Mir-96-P3 Cel-Mir-96-P3 Cfa-Mir-96-P3-v1 Cin-Mir-96-P3 Cja-Mir-96-P3-v1 Cli-Mir-96-P3-v1 Cmi-Mir-96-P3-v1 Cpi-Mir-96-P3-v1 Cpo-Mir-96-P3-v1 Csc-Mir-96-P3w Csc-Mir-96-P3x Cte-Mir-96-P3 Dan-Mir-96-P3 Dgr-Mir-96-P3 Dlo-Mir-96-P3 Dma-Mir-96-P3 Dme-Mir-96-P3 Dmo-Mir-96-P3 Dno-Mir-96-P3-v1 Dpu-Mir-96-P3 Dre-Mir-96-P3a-v1 Dsi-Mir-96-P3 Dya-Mir-96-P3 Eba-Mir-96-P3 Ebu-Mir-96-P3e Ebu-Mir-96-P3f Eca-Mir-96-P3-v1 Egr-Mir-96-P3 Ete-Mir-96-P3-v1 Gga-Mir-96-P3-v1 Gja-Mir-96-P3-v1 Gmo-Mir-96-P3a-v1 Gpa-Mir-96-P3 Gsp-Mir-96-P3 Hme-Mir-96-P3 Hru-Mir-96-P3 Hsa-Mir-96-P3-v1 Isc-Mir-96-P3 Lan-Mir-96-P3 Lch-Mir-96-P3 Lgi-Mir-96-P3 Lhy-Mir-96-P3 Llo-Mir-96-P3 Loc-Mir-96-P3-v1 Lpo-Mir-96-P3r Lpo-Mir-96-P3s Lpo-Mir-96-P3t Lpo-Mir-96-P3u Lpo-Mir-96-P3v Mal-Mir-96-P3a-v1 Mal-Mir-96-P3b-v1 Mdo-Mir-96-P3-v1 Mgi-Mir-96-P3 Mml-Mir-96-P3-v1 Mmr-Mir-96-P3-v1 Mmu-Mir-96-P3-v1 Mom-Mir-96-P3 Mun-Mir-96-P3-v1 Neu-Mir-96-P3-v1 Oan-Mir-96-P3-v1 Ocu-Mir-96-P3-v1 Ofu-Mir-96-P3 Pab-Mir-96-P3-v1 Pau-Mir-96-P3g Pau-Mir-96-P3h Pbv-Mir-96-P3-v1 Pca-Mir-96-P3 Pcr-Mir-96-P3 Pdu-Mir-96-P3 Pfl-Mir-96-P3 Pma-Mir-96-P3o1 Pma-Mir-96-P3o2 Pmi-Mir-96-P3 Pve-Mir-96-P3 Rno-Mir-96-P3-v1 Rph-Mir-96-P3 Sko-Mir-96-P3 Snu-Mir-96-P3 Spt-Mir-96-P3 Spu-Mir-96-P3 Sro-Mir-96-P3 Sto-Mir-96-P3-v1 Tca-Mir-96-P3 Tgu-Mir-96-P3 Tni-Mir-96-P3a Tni-Mir-96-P3b Tur-Mir-96-P3 War-Mir-96-P3 Xla-Mir-96-P3c-v1 Xla-Mir-96-P3d-v1 Xtr-Mir-96-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL861654.1: 986809-986870 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-96-P3-v1) |
Mir-96-P2
GL861654.1: 977120-977184 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-96-P1 GL861654.1: 986305-986368 [-] UCSC Ensembl Mir-96-P3-v1 GL861654.1: 986809-986870 [-] UCSC Ensembl Mir-96-P3-v2 GL861654.1: 986810-986869 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Sha-Mir-96-P3-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGGCGGGAGACUAUCACUCCUGUUCUGUGUAUGGCACUGGUAGAAUUCACUGUGAAAACACACUAUCAGUGAAUUACCAAAGGGCCAUAAACAGAGCAGAGAAAGAUCCACAAGCGCCUCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGGGCGGGAGACUAUCA--- C G AC--| GA GUGAAAA CU CUGUUCUGU UAUGGC UGGUA AUUCACU C GA GACGAGACA AUACCG ACCAU UAAGUGA A CCUCCGCGAACACCUAGAAA - A GGAA^ -- CUAUCAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sha-Mir-96-P3-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCACUGGUAGAAUUCACU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sha-Mir-96-P3-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGAAUUACCAAAGGGCCAUAAA -62
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Sha-Mir-96-P3-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGGCACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGCGGGAGACUAUCACUCCUGUUCUGUGUAUGGCACUGGUAGAAUUCACUGUGAAAACACACUAUCAGUGAAUUACCAAAGGGCCAUAAACAGAGCAGAGAAAGAUCCACAAGCGCCUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGGCGGGAGACUAUCAC- - G AC--| GA UGAAAA UC CUGUUCUGU UAUGGC UGGUA AUUCACUG C AG GACGAGACA AUACCG ACCAU UAAGUGAC A CUCCGCGAACACCUAGAA A A GGAA^ -- UAUCAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sha-Mir-96-P3-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGGCACUGGUAGAAUUCACUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sha-Mir-96-P3-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAUUACCAAAGGGCCAUAA -60
Get sequence
|
