| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-17-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-20a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-17-P1a Xtr-Mir-17-P1c Xtr-Mir-17-P2a Xtr-Mir-17-P2c Xtr-Mir-17-P4c Xtr-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P4a Ami-Mir-17-P4a Bta-Mir-17-P4a Cfa-Mir-17-P4a Cja-Mir-17-P4a Cli-Mir-17-P4a Cmi-Mir-17-P4a Cpi-Mir-17-P4a Cpo-Mir-17-P4a Dno-Mir-17-P4a Dre-Mir-17-P4a1 Dre-Mir-17-P4a2 Eca-Mir-17-P4a Ete-Mir-17-P4a Gga-Mir-17-P4a Gja-Mir-17-P4a Gmo-Mir-17-P4a1 Gmo-Mir-17-P4a2 Hsa-Mir-17-P4a Laf-Mir-17-P4a Lch-Mir-17-P4a Loc-Mir-17-P4a Mal-Mir-17-P4a1 Mal-Mir-17-P4a2 Mdo-Mir-17-P4a Mml-Mir-17-P4a Mmr-Mir-17-P4a Mmu-Mir-17-P4a Mun-Mir-17-P4a Neu-Mir-17-P4a Oan-Mir-17-P4a7 Oan-Mir-17-P4a8 Ocu-Mir-17-P4a Pab-Mir-17-P4a Pbv-Mir-17-P4a Rno-Mir-17-P4a Sha-Mir-17-P4a Spt-Mir-17-P4a Sto-Mir-17-P4a Tgu-Mir-17-P4a Tni-Mir-17-P4a1 Tni-Mir-17-P4a2 Xla-Mir-17-P4a3 Xla-Mir-17-P4a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr2: 120019995-120020054 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4a) |
Mir-92-P1a
chr2: 120019748-120019807 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a chr2: 120019867-120019928 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a chr2: 120019995-120020054 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a chr2: 120020122-120020179 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a chr2: 120020263-120020327 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a chr2: 120020393-120020454 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACACUGUACCAUUUUGGCUAAAGUGGUGCUAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAGUUUUUCUGUAUUCUACUGCAUAAUGAGCACUUAAAGUACUCCUAGCUGCAUGCCGACCCAAUCAGUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACACUGUACCAUUUUG----| AA UG A- A G UUUUU GCU AG GUGCU AAGUGCUUAU GUGCAG UAG C CGA UC CAUGA UUCACGAGUA UACGUC AUC U CUGACUAACCCAGCCGUACGU^ -- CU AA A - UUAUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-17-P4a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003669 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-20a-5p |
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| Star sequence | Xtr-Mir-17-P4a_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACUGCAUAAUGAGCACUUAAAGU -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-20a-3p |
